典型文献
一株水貂博卡病毒全基因组扩增及序列分析
文献摘要：
本研究旨在研究水貂博卡病毒(Mink bocavirus,MBoV)在山东省的流行状况及基因特征.采用PCR对采自山东省境内水貂养殖场的85份水貂腹泻样品进行MBoV检测,挑选1份单阳性样品进行全基因扩增,使用MegAlign进行序列同源性比对分析,利用DNAMAN V6对基因组5'末端和3'末端回文结构进行预测,应用MEGA V6进行遗传进化分析.结果表明,所采集的腹泻样品中MBoV阳性率为3.5％(3/85),其中1份为MBoV单阳性,2份为MBoV与水貂肠炎病毒(Mink enteritis virus,MEV)双阳性.获得MBoV全基因序列1条(SDMBoV2020),全长5252 bp;经分析,5'-和3'-UTR分别由98和145 bp短回文序列组成,具有典型的细小病毒末端的茎环样结构;基因组含有3个ORFs,分别编码非结构蛋白NS1、NP1以及结构蛋白VP1和VP2;SDMBoV2020与NCBI登录的MBoV参考毒株KU950356各编码基因的推导氨基酸序列同源性较高,为98.5％～99.0％;基于MBoV全基因序列构建的系统发育进化树也显示,SDMBoV2020和参考毒株KU950356株同处于MBoV 1型基因群分支上,亲缘关系较近.
文献关键词：
水貂博卡病毒;基因组扩增;进化分析
中图分类号：
作者姓名：
于永乐;姚延珠;张传美;秦志华;张洪亮;杨瑞梅;段笑笑;单虎
作者机构：
青岛农业大学动物医学院山东省预防兽医学重点实验室,青岛266109;青岛农业大学植物医学学院,青岛266109;青岛市动物疫病预防控制中心,青岛266000
文献出处：
引用格式：
[1]于永乐;姚延珠;张传美;秦志华;张洪亮;杨瑞梅;段笑笑;单虎-.一株水貂博卡病毒全基因组扩增及序列分析)[J].病毒学报,2022(02):439-447
A类：
水貂博卡病毒,Mink,MBoV,水貂肠炎病毒,SDMBoV2020,KU950356
B类：
一株,全基因组扩增,序列分析,bocavirus,流行状况,基因特征,水貂养殖,养殖场,全基因扩增,MegAlign,序列同源性,比对分析,DNAMAN,V6,回文结构,MEGA,遗传进化分析,enteritis,MEV,双阳,全基因序列,全长,bp,UTR,细小病毒,ORFs,分别编,非结构蛋白,NS1,NP1,VP1,VP2,NCBI,登录,毒株,编码基因,氨基酸序列,系统发育进化树,亲缘关系
AB值：
0.30251
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