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典型文献
江西地区啮齿动物中温州病毒的检测及病毒基因特征分析
文献摘要:
目的 了解温州病毒在江西地区啮齿动物中感染的情况及病毒基因特征.方法 收集2021年江西省高安市、安义县两地啮齿动物鼠肺组织样本,提取样本核酸,采用温州病毒特异性引物进行巢式PCR扩增,PCR产物进行序列测定.采用Ion GeneStudio S5二代测序平台(NGS)对1株核酸阳性样本进行病毒基因组测序,采用CLC软件对基因序列进行分析.结果 共收集高安市、安义县啮齿动物肺组织标本164份,通过巢式PCR检出温州病毒3份,均来自高安地区的黄毛鼠.3株病毒部分L基因序列同源性93.66%~98.50%,氨基酸序列同源性95.21%~100%.选取1株病毒(JXGAW45/2021)进行二代测序,获得全基因组序列,其中S、L基因分别含3 429、7 145个核苷酸.基因组比对分析发现JXGAW45/2021与其他温州病毒核苷酸序列同源性为82.58%~85.75%,氨基酸同源性为88.76%~96.83%,在S、L基因系统进化树中均独立分支,为温州病毒新的变异株.结论 首次在江西地区啮齿动物中发现温州病毒.
文献关键词:
啮齿动物;温州病毒;基因特征
作者姓名:
刘师文;李健雄;施勇;熊英;吴杨博文;龚甜
作者机构:
江西省疾病预防控制中心,南昌 330029
引用格式:
[1]刘师文;李健雄;施勇;熊英;吴杨博文;龚甜-.江西地区啮齿动物中温州病毒的检测及病毒基因特征分析)[J].中国人兽共患病学报,2022(07):597-601
A类:
温州病毒,GeneStudio,JXGAW45
B类:
江西地区,啮齿动物,基因特征分析,高安市,安义县,两地,肺组织,特异性引物,序列测定,Ion,S5,二代测序,测序平台,NGS,阳性样本,病毒基因组,基因组测序,CLC,基因序列,共收,组织标本,黄毛鼠,序列同源性,氨基酸序列,全基因组序列,比对分析,系统进化树,变异株
AB值:
0.21085
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