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2018-2020年上海市登革1型病毒全基因组序列特征研究
文献摘要：
目的 研究2018-2020年上海市本地感染及输入性来源登革1型病毒(Dengue Serotype 1 virus,DENV-1)分离株全基因组序列特征.方法 收集登革热疑似病例血清样本,对DENV-1阳性样本进行病毒分离、全基因组扩增与测序,进一步通过构建进化树对全基因组序列进行同源性分析、核苷酸序列及氨基酸序列相似性分析、编码蛋白氨基酸位点差异分析.结果 从88份DENV-1阳性样本中获得31株分离株的全基因组核苷酸序列,其中3株为本地感染病例来源,28株为输入病例来源.进化分析显示,28株分离株的基因型为G-Ⅰ型,与G-Ⅰ型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.47％～97.37％(98.78％～99.16％);3株分离株的基因型为G-Ⅳ型,与G-Ⅳ型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.66％～96.86％(99.01％～99.26％);3株本地感染病例来源分离株均为G-Ⅰ型,根据同源性分析,存在输入性病例引起本地感染可能.分离株与对照株比较各结构蛋白与非结构蛋白氨基酸位点均存在差异,其中E蛋白的495个氨基酸位点中,有31个位点存在差异.结论 2018-2020年上海市DENV-1包含G-Ⅰ与G-Ⅳ两种基因型,以G-Ⅰ型为主;首次分离得到3株上海市本地感染病例来源DENV-1,为G-Ⅰ型,存在输入性病例引起本地感染可能.
文献关键词：
登革热;登革1型病毒;全基因组测序;同源性分析;氨基酸位点分析
中图分类号：
作者姓名：
王葳;牟嘉斌;王环茹;房方皓;朱奕奕;滕峥
作者机构：
上海市疾病预防控制中心,上海 200336
文献出处：
引用格式：
[1]王葳;牟嘉斌;王环茹;房方皓;朱奕奕;滕峥-.2018-2020年上海市登革1型病毒全基因组序列特征研究)[J].中国人兽共患病学报,2022(06):507-514
A类：
B类：
全基因组序列,序列特征,Dengue,Serotype,virus,DENV,分离株,登革热,疑似病例,血清样本,阳性样本,病毒分离,全基因组扩增,进化树,行同,同源性分析,氨基酸序列,相似性分析,编码蛋白,本地感染病例,输入病例,进化分析,基因型,参考序列,源分离,输入性病例,非结构蛋白,点中,个位,全基因组测序,氨基酸位点分析
AB值：
0.226104
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