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DNA提取前处理方法对萨拉米香肠中细菌种群结构的影响
文献摘要：
通过比较不同DNA提取前处理方法在高通量测序中对萨拉米香肠细菌种群结构的影响,为建立规范的高通量测序的操作流程优选出更适宜的前处理方法.采用直接提取法(M0)、拍击均质法(Ml)和振荡珠磨法(M2)3种常用前处理方法提取萨拉米香肠中细菌DNA,利用MiSeq高通量测序技术分析萨拉米香肠中细菌16S rRNA V3-V4区基因序列,以可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础分析细菌种群结构.结果表明,M0、M1和M2的OTU数分别为319、206和253;3种方法共有的OTU数为129,占样品总OTU数的31.85％;Chao1指数分别为 177.93±31.02、120.76±28.60、166.96±15.63;Shannon指数分别为2.79±0.22、2.95±0.31、3.25±0.30.在门和科分类水平,不同前处理方法获得的样品细菌种群结构相似,只有丰度上存在差异;但在属分类水平下,不同前处理方法可影响后续种群结构分析的结果.M0可增大优势菌的丰度及多样性,可用于检测样品在成熟过程中存在过的细菌.而M1和M2除去了游离DNA,只留下具有完整细胞结构的细菌菌体,更能反映出样品在取样时的细菌种群结构.当样品结构相对均一时,M1与M2的菌群结构和丰度趋于一致.本研究说明,不同的前处理方法可影响后续种群结构分析的结果.应该尽早建立统一的高通量测序操作与分析流程,确保数据的可靠性以及不同研究之间结果的可比性.
文献关键词：
萨拉米香肠;前处理方法;细菌种群结构;发酵肉制品
中图分类号：
作者姓名：
姬庆龙;赵贵明;王娉;赵勇胜;赵晓美;杨海荣;陈颖
作者机构：
中国检验检疫科学研究院,北京 100176
文献出处：
引用格式：
[1]姬庆龙;赵贵明;王娉;赵勇胜;赵晓美;杨海荣;陈颖-.DNA提取前处理方法对萨拉米香肠中细菌种群结构的影响)[J].食品科学,2022(04):113-118
A类：
萨拉米香肠
B类：
前处理方法,细菌种群结构,立规,操作流程,更适宜,提取法,M0,拍击,均质法,Ml,M2,MiSeq,高通量测序技术,16S,rRNA,V3,V4,基因序列,操作分类单元,operational,taxonomic,unit,OTU,M1,法共,Chao1,Shannon,同前,结构相似,优势菌,检测样品,成熟过程,除去,细胞结构,菌体,均一,菌群结构,可比性,发酵肉制品
AB值：
0.218323
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