典型文献
小果甜柿果实转录组的SSR、SNP和InDel特征分析
文献摘要：
[目的]对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析,为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础.[方法]以中国甜柿传统小果类型种质为材料,在果实发育的5个时期采样,抽提RNA,采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析.[结果]在小果甜柿果实转录组中共发现42 427个SSR位点,分布于26 928条unigenes上,发生频率为31.52％;在重复基元类型中,单碱基重复数量最多,六碱基重复最少,其中出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的40.91％;各类型重复基元的重复次数集中在5～20次,SSR序列长度介于10～74 bp.共检测到1 070 614个SNP位点和167 924个InDel位点,其中SNP位点平均每kb出现11.46个,InDel位点平均0.556 kb出现1个,且均以含1个位点的uni-genes数最多.[结论]小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富,具有潜在较高的多态性,有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发.
文献关键词：
小果甜柿;果树育种;转录组;SSR;SNP;InDel
中图分类号：
作者姓名：
王艺儒;索玉静;傅建敏
作者机构：
中国林业科学研究院经济林研究所,经济林种质创新与利用国家林业局重点实验室,河南郑州450003
文献出处：
引用格式：
[1]王艺儒;索玉静;傅建敏-.小果甜柿果实转录组的SSR、SNP和InDel特征分析)[J].西北农林科技大学学报（自然科学版）,2022(07):147-154
A类：
小果甜柿,中国甜柿,GATK3
B类：
转录组,SSR,SNP,InDel,分子标记,遗传多样性分析,果类,果实发育,抽提,MISA,点特征,unigenes,发生频率,基元,碱基,重复数,复次,数集,bp,kb,个位,数最多,多态性,果树育种
AB值：
0.191496
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