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高通量RNA-seq技术开发巴旦木目的基因SSR标记
文献摘要：
为了开发适合于木本油料巴旦木目的性状基因SSR分子标记,基于巴旦木叶片高通量RNA-seq数据,共组装得到41 849个unigenes,其中22 894个获得功能注释;利用MISA软件从4 862个unigenes中挖掘到5 260个SSR标记,它们的主要重复基序为单核苷酸(占总SSR位点数的14.30％)、二核苷酸(47.64％)和三核苷酸(31.35％).二核苷酸重复基序中最多的重复类型是AG/CT(22.83％),三核苷酸重复基序中AAG/CTT重复类型最多(3.83％);根据unigenes功能注释和KEGG途径分析结果,筛选到13个含有SSR标记且与油脂合成、脂肪酸合成、种子大小与粒重等相关的目的基因,并设计48个目的基因SSR标记引物;以巴旦木叶片基因组DNA为模板验证SSR标记引物有效性,其中33对引物可以获得清晰的目的条带.这为巴旦木种质的遗传多样性分析、分子辅助育种和性状关联分析等提供了有效的目的基因SSR标记.
文献关键词：
巴旦木;RNA-seq;目的基因;SSR;分子标记
中图分类号：
作者姓名：
刘景;丁健;韩平;王雪萍
作者机构：
大连民族大学资源植物研究所,辽宁 大连116600;孙吴县特色产业研究中心,黑龙江 黑河164299
文献出处：
引用格式：
[1]刘景;丁健;韩平;王雪萍-.高通量RNA-seq技术开发巴旦木目的基因SSR标记)[J].东北农业科学,2022(02):42-47
A类：
B类：
seq,技术开发,巴旦木,目的基因,SSR,木本油料,目的性,分子标记,木叶,装得,unigenes,功能注释,MISA,基序,单核苷酸,重复类型,AAG,CTT,途径分析,油脂合成,脂肪酸合成,种子大小,粒重,引物,片基,条带,遗传多样性分析,分子辅助育种,性状关联
AB值：
0.314184
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