典型文献
不同年份防风转录组学分析及有效成分生物合成关键基因挖掘
文献摘要：
防风为常用大宗药材,为探究防风活性成分色原酮和香豆素合成途径关键酶基因及其表达情况,该研究对一年生(S1)和二年生(S2)防风进行了转录组测序和生物信息学分析.利用IllumiinaHiSeq平台进行测序,共得到40.8 Gb的数据.采用 Trinity 软件进行拼接后,得到 110 732 条 transcripts 和 86 233 条 unigene.与 NR、Swiss-Prot、GO、KEGG、PFAM 各大数据库进行了比对和注释.注释结果显示防风与野胡萝卜同源的序列最多.KEGG代谢富集分析显示差异基因主要富集在植物激素信号传导、苯丙烷生物合成和黄酮类生物合成途径中.在防风有效成分合成相关通路中共鉴别出27条差异表达unigene,包含13种酶.二年生防风较一年生防风PAL、BGL、C4H、4CL、CYP98A、CSE、REF、CCoAOMT均上调表达,CHS、CAD、COMT均下调表达,HCT、POD既有上调表达的又有下调表达的unigene.其中PAL、C4H、4CL、BGL、CHS可作为防风有效成分合成的候选基因.对关键的4个酶基因进行RT-qPCR验证,基因表达结果与转录组测序一致.该研究丰富了防风的遗传数据信息,为鉴定参与次生代谢产物生物合成的候选基因提供了有力支持.
文献关键词：
防风;转录组;不同年份;差异表达基因;生物合成途径
中图分类号：
作者姓名：
寇佩雯;刘长乐;许祎珂;李铂;宋忠兴;张永生;黄文静;唐志书
作者机构：
陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心/秦药特色资源研究与开发国家重点实验室(培育),陕西咸阳712083;内蒙古海天制药有限公司,内蒙古通辽028000;中国中医科学院,北京100700
文献出处：
引用格式：
[1]寇佩雯;刘长乐;许祎珂;李铂;宋忠兴;张永生;黄文静;唐志书-.不同年份防风转录组学分析及有效成分生物合成关键基因挖掘)[J].中国中药杂志,2022(17):4609-4617
A类：
IllumiinaHiSeq,野胡萝卜,CYP98A
B类：
不同年份,防风,转录组学分析,有效成分,分生,关键基因,基因挖掘,大宗,活性成分,分色,色原酮,香豆素,关键酶基因,一年生,S1,二年生,S2,转录组测序,生物信息学分析,Gb,Trinity,拼接,transcripts,unigene,NR,Swiss,Prot,PFAM,大数据库,富集分析,差异基因,植物激素,激素信号传导,苯丙烷,黄酮类,类生物,生物合成途径,分合,相关通路,生防,PAL,BGL,C4H,4CL,CSE,REF,CCoAOMT,CHS,CAD,COMT,HCT,POD,候选基因,qPCR,次生代谢产物,差异表达基因
AB值：
0.393415
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