典型文献
基于高通量测序的不同生态环境东方泽泻块茎转录组分析
文献摘要：
目的:探索不同生态环境对东方泽泻生理活动及其药效成分原萜烷型三萜生物合成调控的分子基础.方法:通过Illumina HiSeq测序平台获取种植于福建和四川的东方泽泻块茎转录组数据并进行功能注释,基于|log2FC|>0.58(FC为差异倍数)、P<0.05的筛选条件获得差异表达基因.结果:转录组测序共获得50652条unigenes,有22689条unigenes注释到京都基因与基因组百科全书(KEGG)、NR、SwissProt、COG、基因本体(GO)和Pfam数据库.从福建和四川2种环境生长的东方泽泻之间筛选到3878条差异表达基因,其中2082条在福建东方泽泻中上调表达,1796条在四川东方泽泻中上调表达,差异基因主要参与植物防御反应、光合作用、淀粉和蔗糖代谢、萜类生物合成等生理活动,包括5个原萜烷型三萜生物合成通路上的关键酶基因.此外,东方泽泻移栽四川后,与三萜生物合成相关的转录因子和细胞色素P450(CYP450)基因表达也发生了显著变化.结论:利用高通量测序技术和生物信息分析获得了不同生态环境下东方泽泻转录组信息特征,为阐明生态环境对东方泽泻原萜烷型三萜生物合成的调控机制提供参考.
文献关键词：
东方泽泻;生态环境;转录组学;原萜烷型三萜
中图分类号：
作者姓名：
韦陈彬;谷巍;田荣;邱蓉丽;韩赟;李桃;季媛媛;朱瑜
作者机构：
南京中医药大学 药学院,江苏 南京 210023;南京中医药大学 江苏省中药资源产业化过程协同创新中心,江苏 南京 210023;南京中医药大学 附属苏州市中医医院,江苏 苏州 215009
文献出处：
引用格式：
[1]韦陈彬;谷巍;田荣;邱蓉丽;韩赟;李桃;季媛媛;朱瑜-.基于高通量测序的不同生态环境东方泽泻块茎转录组分析)[J].中国现代中药,2022(12):2342-2349
A类：
东方泽泻,原萜烷型三萜
B类：
不同生态环境,块茎,转录组分析,药效成分,生物合成调控,分子基础,Illumina,HiSeq,测序平台,转录组数据,功能注释,log2FC,倍数,差异表达基因,转录组测序,共获,unigenes,京都基因与基因组百科全书,NR,SwissProt,COG,基因本体,Pfam,川东,差异基因,植物防御,防御反应,光合作用,蔗糖代谢,萜类,类生物,生物合成通路,关键酶基因,移栽,细胞色素,CYP450,高通量测序技术,生物信息分析,信息特征,调控机制,转录组学
AB值：
0.278086
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