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藜芦bHLH转录因子分析鉴定
文献摘要：
目的 基于转录组数据,利用生物信息学方法鉴定藜芦Veratrum nigrum bHLH转录因子基因家族,并作初步分析.方法 通过隐马可夫模型从藜芦转录组序列中筛选bHLH基因,并使用ExPASy、MEME等在线网站及MEGA、TBtools等软件对藜芦bHLH进行理化性质、保守基序等可视化分析.结果 在藜芦转录组中共鉴定到72条bHLH转录因子,VnbHLH转录因子氨基酸数目为105～692,等电点介于4.69～11.47,相对分子质量为11 071.2～77 795.3,亚细胞定位分析显示VnbHLH均定位于细胞核中;系统发育分析将VnbHLH转录因子分为6个亚族,VnbHLH在不同组织中表达差异显著,Vn_54312、Vn_14037在根中表达较高,推测其可能参与了藜芦植物根部某些生物碱的合成.结论 根据转录组数据分析了药用植物藜芦中的bHLH转录因子基因家族,有助于下一步对藜芦bHLH转录因子家族功能预测及验证.
文献关键词：
藜芦;转录组;bHLH转录因子;系统进化;基因表达
中图分类号：
作者姓名：
寇呈熹;佟金泉;马瑞;孙伟;薛哲勇;麻鹏达
作者机构：
东北林业大学东北盐碱植被恢复与重建教育部重点实验室,黑龙江哈尔滨 150040;东北林业大学黑龙江省植物天然活性物质的合成与利用重点实验室,黑龙江哈尔滨 150040;西北农林科技大学生命科学学院,甘肃杨凌 712100;吉林省农业科学院生物技术研究所吉林省农业生物技术重点实验室,吉林长春 130033;中国中医科学院中药研究所中药鉴定与安全性评估北京市重点实验室,北京 100700
文献出处：
引用格式：
[1]寇呈熹;佟金泉;马瑞;孙伟;薛哲勇;麻鹏达-.藜芦bHLH转录因子分析鉴定)[J].中草药,2022(14):4476-4485
A类：
VnbHLH
B类：
藜芦,分析鉴定,转录组数据,利用生物,生物信息学方法,Veratrum,nigrum,基因家族,初步分析,可夫,转录组序列,ExPASy,MEME,线网,MEGA,TBtools,保守基序,等电点,相对分子质量,亚细胞定位,定位分析,细胞核,系统发育分析,不同组织,组织中表达,表达差异,根部,生物碱,药用植物,功能预测,系统进化
AB值：
0.302076
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