典型文献
利用WGCNA筛选马铃薯块茎发育候选基因
文献摘要：
块茎是马铃薯的主要经济器官,解析其形成和发育机制对于马铃薯高产育种具有重要意义.虽然结薯相关基因已有报道,但仍有大量参与结薯的基因有待进一步挖掘和鉴定.随着测序技术的不断革新和发展,转录组数据愈加丰富和繁杂,利用加权共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选特定性状、组织或发育阶段相关基因的方法被广泛应用.本研究利用WGCNA分别对马铃薯DM 1-3516 R44(DM)材料以及RH89-039-16(RH)材料各15个组织器官的转录组数据进行分析,构建共表达网络,筛选与块茎发育相关的共表达模块.对筛选表达模块中的基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析.以模块中连通度前10的基因为核心基因,用PGSC数据库和NCBI数据库进行注释,并利用qRT-PCR进行验证.通过WGCNA分析,在DM和RH材料中均得到13个共表达模块,其中DM材料的Cyan模块和RH材料的Black模块与块茎显著相关.分析表明,2个模块的基因显著富集在激素代谢、淀粉和蔗糖代谢以及细胞形成等相关过程中.此外,在Cyan中注释到已被证实与块茎发育相关的基因StGA2ox1,并且在共表达分析中StGA2ox1与模块中10个核心基因均相互关联.核心基因的qRT-PCR结果与RNA-Seq的结果基本一致.本研究运用WGCNA方法鉴别了2个块茎发育相关的共表达模块,筛选出多个与块茎发育相关的候选基因,为马铃薯高产育种奠定基础.
文献关键词：
马铃薯;WGCNA;块茎发育;调控网络;核心基因
中图分类号：
作者姓名：
荐红举;张梅花;尚丽娜;王季春;胡柏耿;Vadim Khassanov;吕典秋
作者机构：
西南大学农学与生物科技学院,重庆 400715;南方山地农业教育部工程研究中心,重庆 400715;薯类生物学与遗传育种重庆市重点实验室,重庆 400715;国家马铃薯工程技术研究中心,山东德州 253600;S. Seifullin Kazakh Agrotechnical University,Zhenis Avenue 010011,Astana,Republic of Kazakhstan
文献出处：
引用格式：
[1]荐红举;张梅花;尚丽娜;王季春;胡柏耿;Vadim Khassanov;吕典秋-.利用WGCNA筛选马铃薯块茎发育候选基因)[J].作物学报,2022(07):1658-1668
A类：
RH89,PGSC,Cyan,StGA2ox1
B类：
WGCNA,马铃薯块茎,块茎发育,候选基因,经济器,高产育种,结薯,转录组数据,繁杂,加权共表达网络分析,weighted,gene,co,expression,network,analysis,发育阶段,研究利用,DM,R44,组织器官,Ontology,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,通路富集分析,连通度,核心基因,NCBI,qRT,Black,激素代谢,蔗糖代谢,关过,表达分析,相互关联,Seq,研究运用,调控网络
AB值：
0.282578
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