典型文献
芦竹茎对盐胁迫响应的转录组分析
文献摘要：
[目的]丰富芦竹(Arundo donax)的耐盐基因资源并为分子育种提供帮助.[方法]对长势一致的"绿洲1号"芦竹分别用0、50、100、150和200 mmol/LNaCl盐溶液处理36 h,每个处理3次重复.收集相同部位的茎进行转录组测序和生物信息学分析,随机挑选5个差异表达基因进行qRT-PCR验证表达模式.[结果]对质控后的测序数据进行De novo组装,共产生971 309个转录本,GC含量为47.14％,Unigene contigs的N50达到1126 bp,表明组装效果良好.对鉴定出的7305个差异表达基因进行GO与KEGG富集分析,结果表明"绿洲1号"茎主要通过氮代谢、离子转运、萜类合成、玉米素合成、亚油酸代谢、水杨酸生物合成和渗透调节物质等途径来响应盐胁迫.对差异表达基因进行筛选,共得到104个核心差异表达基因,其中差异倍数较大的88315_cO_g1_i1、1200_c2_g1_i1、13330_c0_g1_i8、46571_c0_g1_i7、3434_c0_g1_i11 和 713_c0_g1_i32 基因可能在芦竹盐响应过程中发挥重要作用.转录因子的鉴定结果表明AP2/ERF-ERF、MYB-related和WRKY家族是盐响应过程中最重要的基因家族,并且这3种转录因子家族成员在响应盐胁迫时大部分呈上调状态,说明主要通过增加基因的表达发挥作用.qRT-PCR对5个差异表达基因表达模式的检测结果与RNA-seq结果基本一致,也说明转录组数据可靠.[结论]本研究鉴定了芦竹在响应盐胁迫过程中的重要基因和转录因子,为其今后的遗传改良工作奠定了坚实基础.
文献关键词：
芦竹;盐胁迫;茎;转录组;转录因子
中图分类号：
作者姓名：
孙源长;罗琳;林辉;林冬梅;林占嬉
作者机构：
福建农林大学国家菌草工程技术研究中心,福州 350002
文献出处：
引用格式：
[1]孙源长;罗琳;林辉;林冬梅;林占嬉-.芦竹茎对盐胁迫响应的转录组分析)[J].西南农业学报,2022(12):2708-2718
A类：
cO,i8,i11,i32
B类：
芦竹,竹茎,盐胁迫,胁迫响应,转录组分析,Arundo,donax,耐盐基因,基因资源,分子育种,长势,绿洲,LNaCl,盐溶液,转录组测序,生物信息学分析,差异表达基因,qRT,对质,质控,序数,De,novo,转录本,Unigene,contigs,N50,bp,富集分析,氮代谢,离子转运,萜类合成,玉米素,亚油酸代谢,水杨酸,生物合成,渗透调节物质,倍数,g1,c2,c0,i7,响应过程,AP2,ERF,MYB,related,WRKY,基因家族,明主,基因表达模式,seq,转录组数据,遗传改良
AB值：
0.374697
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