典型文献
绵羊骨代谢相关基因VDR密码子偏好性分析
文献摘要：
[目的]明确绵羊维生素D受体(vitamin D receptor,VDR)基因密码子的使用特征,探究不同物种VDR基因进化规律,为骨代谢等相关疾病动物建模提供参考依据.[方法]利用CodonW、EMBOSS、Usage Codon和DNAMAN等软件对VDR基因CDS区的同义密码子相对使用度(RSCU)、密码子碱基含量、有效密码子数(ENc)及密码子偏好指数(CBI)等参数进行统计分析,并在多物种间进行比较,同时利用ENc-Plot关联分析和中性绘图等方法分析VDR基因密码子偏好性使用的主要影响因素,并基于多物种同义密码子相对使用度数据与系统进化聚类分析探究密码子使用模式与生物进化的内在联系.[结果]绵羊VDR基因中有23个偏好使用以G/C结尾的密码子;大猩猩、鸸鹋、褐家鼠等其他14个物种在密码子使用上表现出了与之较为相似的特征,而在半胱氨酸、甘氨酸、组氨酸、丝氨酸、脯氨酸等个别氨基酸编码时,鸸鹋、褐家鼠和麻雀等部分物种显现出独有特点;ENc-Plot绘图和中性绘图分析显示,选择压力对VDR基因密码子偏好性的影响强于突变压力.[结论]以G/C结尾的密码子为VDR基因优势密码子,自然选择是导致其偏好性的主要力量,密码子偏好使用存在物种特异性,并与物种亲缘关系进化存在关联性.
文献关键词：
绵羊;VDR基因;密码子偏好性;骨代谢
中图分类号：
作者姓名：
马建青;杨清芳;宋占锋;贾丁丁;吴东蔚;莫秀芳;徐增年;杨克;吴占勇;籍颖;周荣艳
作者机构：
华北医疗健康集团邢台总医院骨科实验室,邢台054000;邢台市动物疫病预防控制中心,邢台054001;华北理工大学护理与康复学院,唐山063210;河北医科大学实验动物学部,石家庄050017;河北农业大学,保定071001
文献出处：
引用格式：
[1]马建青;杨清芳;宋占锋;贾丁丁;吴东蔚;莫秀芳;徐增年;杨克;吴占勇;籍颖;周荣艳-.绵羊骨代谢相关基因VDR密码子偏好性分析)[J].中国畜牧兽医,2022(08):2888-2898
A类：
B类：
绵羊,羊骨,骨代谢,代谢相关基因,VDR,密码子偏好性,偏好性分析,vitamin,receptor,使用特征,基因进化,进化规律,相关疾病,CodonW,EMBOSS,Usage,DNAMAN,CDS,同义密码子,用度,RSCU,碱基,有效密码子数,ENc,CBI,多物种,种间,Plot,绘图,系统进化,进化聚类,分析探究,使用模式,生物进化,好使,结尾,大猩猩,鸸鹋,褐家鼠,甘氨酸,组氨酸,丝氨酸,脯氨酸,麻雀,显现出,选择压力,突变压力,自然选择,存在物,亲缘关系,存在关联
AB值：
0.3126
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