旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异.本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA:PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本 WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异.结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26％,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域 SNPs 位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似.在五指山猪中突变纯合基因型比例为100％,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48％～93％(14/29-27/29).本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考.

五指山猪;全基因组重测序;单核苷酸多态性;XP-CLR选择信号;炎症因子;脂类代谢

海南省农业科学院畜牧兽医研究所海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室,海口 571100;湘西州畜牧水产事务中心,吉首416000

[1]任钰为;王峰;王成;张艳;孙瑞萍;刘海隆;乔传民;邢漫萍;黄丽丽;曹宗喜;晁哲-.五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析)[J].畜牧兽医学报,2022(12):4172-4182

五指山猪,PRJNA378496,IL26,IL15,TNFSF4,TNFSF8,ACKR4,PRKG1

杜洛克猪,全基因组选择,选择信号,脂质代谢相关基因,南国,保种场,月龄,全基因组重测序,whole,genome,sequencing,WGS,NCBI,下载,序数,SRA,生物信息学方法,单核苷酸多态性,single,nucleotide,polymorphism,SNPs,基因型频率,XP,CLR,相关通路,路基,功能差异,内含子区域,区域分布,编码区,终止密码子,神经功能,免疫反应,TGFBR2,BMPR2,TNFSF15,TNFRSF11B,功能区域,分个,杂合子,中野,脂类代谢,代谢通路,IRS2,ADCY5,免疫性状,候选基因,性状形成

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