典型文献
蕙兰一个PEBP家族基因的克隆及生物信息学分析
文献摘要：
为了初步探究蕙兰磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding proteins,PEBP)基因的特征与功能,以蕙兰花蕾期叶片为材料,利用反转录PCR(RT-PCR)结合cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆基因,使用在线生物信息学工具进行蛋白结构与功能预测,通过R语言和3个在线软件(CodonW、CHIPS和CUSP)分析该基因的密码子偏好性.结果表明,克隆得到的蕙兰PEBP基因包含531 bp长度的开放阅读框(ORF),对应编码氨基酸176个.该基因命名为CfPEBP(登录号MT795710).生物信息学分析表明,Cf-PEBP分子式为C882 H1366 N254 O260 S5,分子量为19848.39 u;等电点为6.42;具有15个磷酸化位点.CfPEBP蛋白无信号肽结构域,具有PEBP功能域.进化树分析结果表明,CfPEBP蛋白与春兰FT进化距离最近,同源性为100％.分析显示,CfPEBP的密码子偏好性表现较弱;依据同义密码子相对使用度(RSCU)分析较强偏性密码子有GGC、AGA、AGU、AAG、CCA、CUC(RSCU≥2.00).18个物种PEBP基因RSCU值分析表明,蕙兰HQ164434、文心兰KJ909968、文心兰EU583502、石斛MF063061、香蕉KF853468、牵牛AB154823的密码偏好性较强,均有25个以上RSCU值>1.00的密码子.PEBP家族基因对于GGC、AGG、AGA、AGC、AGU、UGC、GAG、AAG、UAC、GCC、CCA、CUC的偏好性超过其他密码子.CfPEBP基因在蕙兰盛花期叶中相对表达量最高,花蕾期花蕾和盛花期花葶中表达量次之,其他组织几乎不表达.本研究为蕙兰PEBP家族基因功能的进一步研究提供了基础.
文献关键词：
蕙兰;PEBP;生物信息学分析;密码子偏好性;表达
中图分类号：
作者姓名：
楚志刚;田云芳
作者机构：
郑州师范学院 信息科学与技术学院,河南 郑州450044;郑州师范学院 生命科学学院,河南 郑州450044;郑州市观赏药用特色资源植物重点实验室,河南 郑州450044
文献出处：
引用格式：
[1]楚志刚;田云芳-.蕙兰一个PEBP家族基因的克隆及生物信息学分析)[J].浙江农业学报,2022(08):1679-1691
A类：
CfPEBP,MT795710,C882,H1366,N254,O260,HQ164434,KJ909968,EU583502,MF063061,KF853468,AB154823
B类：
蕙兰,家族基因,生物信息学分析,磷脂酰乙醇胺,结合蛋白,phosphatidyl,ethanolamine,binding,proteins,兰花,花蕾,蕾期,cDNA,RACE,生物信息学工具,蛋白结构,结构与功能,功能预测,CodonW,CHIPS,CUSP,密码子偏好性,bp,开放阅读框,ORF,登录号,分子式,S5,分子量,等电点,磷酸化,信号肽结构,结构域,功能域,进化树分析,春兰,FT,进化距离,同源性,同义密码子,用度,RSCU,GGC,AGA,AGU,AAG,CCA,CUC,文心兰,石斛,香蕉,牵牛,AGG,AGC,UGC,GAG,UAC,GCC,盛花期,相对表达量,花葶,他组织,基因功能
AB值：
0.310201
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