典型文献
三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素
文献摘要：
块菌又称松露,为珍稀野生药食兼用的大型真菌,具有极高的营养保健价值.密码子使用偏性分析可为块菌的遗传进化与资源开发提供理论依据.基于黑孢块菌(Tuber melanosporum)、白块菌(T.magnatum)和波氏块菌(T.borchii)的基因组数据,利用CodonW 1.4.2、Mega X软件和EMBOSS在线网站,系统分析3种块菌基因组密码子使用特征及其影响因素.结果显示,3种块菌基因组密码子使用模式高度相似,密码子第3位偏好鸟嘌呤或胞嘧啶(G/C),有效密码子数值较高,其中,黑孢块菌与波氏块菌密码子使用性相似度最高,白块菌鸟嘌呤或胞嘧啶碱基相关参数均较高.3种块菌最优密码子中G/C结尾的分别占81.8％、78.9％和61.9％,三者共有的高频密码子24个,共有的最优密码子14个,均偏好鸟嘌呤或胞嘧啶或胸腺嘧啶结尾的密码子,但总体偏好性不强.奇偶偏性、ENC-GC3s关联、中性绘图和对应性分析显示,3种块菌密码子使用偏性形成受选择压力等多种因素影响,其中黑孢块菌主要受翻译选择压力影响,白块菌主要受翻译选择外的其他因素影响,波氏块菌受选择压力影响相对较弱.研究表明,3种块菌基因组密码子使用模式相似,偏性较弱,表达潜力较低,受多种因素影响,研究结果可为块菌的物种演化研究和遗传育种提供理论基础.
文献关键词：
块菌;基因组;密码子使用偏性;最优密码子;选择压力
中图分类号：
作者姓名：
韩利红;田雪莲;刘潮;付小林;王远献
作者机构：
曲靖师范学院 生物资源与食品工程学院,云南省高校特色果酒技术创新与应用工程研究中心,云南 曲靖655011
文献出处：
引用格式：
[1]韩利红;田雪莲;刘潮;付小林;王远献-.三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素)[J].浙江农业学报,2022(07):1439-1448
A类：
melanosporum,magnatum,borchii
B类：
块菌,松露,全基因组,密码子使用偏性,珍稀,生药,药食兼用,大型真菌,营养保健,保健价值,遗传进化,Tuber,基因组数据,CodonW,Mega,EMBOSS,线网,使用特征,使用模式,鸟嘌呤,胞嘧啶,有效密码子数,碱基,参数均,最优密码子,结尾,高频密码子,胸腺嘧啶,偏好性,奇偶,ENC,GC3s,绘图,对应性,选择压力,翻译选择,物种演化,遗传育种
AB值：
0.266761
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