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马兜铃科药用植物叶绿体基因组比较分析
文献摘要：
该研究对汉城细辛Asarum sieboldii f.seoulense的叶绿体基因组进行测序分析并与GenBank下载的马兜铃科植物叶绿体基因组结构特征进行比较,旨在明确汉城细辛叶绿体基因组特征及马兜铃科药用植物叶绿体基因组的差异性.采用高通量测序技术对汉城细辛叶绿体基因组进行测序、组装,利用REPuter等软件对11种马兜铃科药用植物叶绿体基因组的一般特征,重复序列、IR边界以及进化关系进行分析.研究结果表明汉城细辛基因组大小为167 293 bp,LSC(large single-copy)为89 840 bp,SSC(small single-copy)为 21 415 bp,IR(inverted repeat)为 28 019 bp,GC 量为 37.9％,注释到 133 个基因,其中包括89个蛋白编码基因,36个tRNA基因和8个rRNA基因.11种马兜铃科植物的叶绿体基因组长度为159 308～167 293 bp,基因数为130～134个.其中5种药用植物叶绿体基因组中均发现了 P、F、R、C 4种类型的长重复序列和具有SSR序列位点,其中汉城细辛具有6种类型的SSR序列,系统发育树中汉城细辛和辽细辛聚为1支.研究将为马兜铃科药用植物的分类鉴定及系统发育等相关研究提供基础.
文献关键词：
马兜铃科;汉城细辛;叶绿体基因组;重复序列
中图分类号：
作者姓名：
赵容;尹舒悦;姜诚淏;薛嘉宁;刘畅;蔡欣航;邢艳萍;康廷国
作者机构：
辽宁中医药大学,辽宁大连116600;北京理工大学数学与统计学院,北京100081
文献出处：
引用格式：
[1]赵容;尹舒悦;姜诚淏;薛嘉宁;刘畅;蔡欣航;邢艳萍;康廷国-.马兜铃科药用植物叶绿体基因组比较分析)[J].中国中药杂志,2022(11):2932-2937
A类：
汉城细辛,seoulense
B类：
马兜铃科,药用植物,植物叶,叶绿体基因组,基因组比较,Asarum,sieboldii,测序分析,GenBank,下载,基因组结构,基因组特征,高通量测序技术,REPuter,种马,重复序列,进化关系,辛基,基因组大小,bp,LSC,large,single,copy,SSC,small,inverted,repeat,蛋白编码,编码基因,tRNA,rRNA,组长,SSR,列位,系统发育树,辽细辛,分类鉴定
AB值：
0.239087
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