典型文献
欧地笋叶绿体全基因组序列特征及其系统发育分析
文献摘要：
研究欧地笋Lycopus europaeus Linn.叶绿体基因组的结构特征,比较与欧地笋具有相近药理作用和临床功效的唇形科物种的系统进化关系.利用Illumina Hiseq 4000测序平台对欧地笋全基因组DNA进行测序、使用NOVOplasty组装了完整的叶绿体基因组,然后用CPGAVAS2软件对叶绿体基因组进行注释和特征分析.以瑞香狼毒(Stellera chamaejasme)和委陵菜(Potentilla chinensis)为外类群,构建系统进化树,分析唇形科中与欧地笋具有相近功效的物种之间的系统发育关系.结果表明,欧地笋叶绿体基因组全长152 085 bp,注释得到132个基因,包括88个蛋白编码基因、8个rRNA基因和36个tRNA基因,其中8个蛋白质编码基因(ndhB、rps7、rps12、rps19、rpl2、rpl23、ycf2、ycfl 5)、7 种 tRNA 编码基因(trnM-CAU、trnL-CAA、trnN-GUU、trnE-UUC、trnV-GAC、trnA-UGC、trnR-ACG)、4个rRNA编码基因(rrn16S、rrn23S、rrn4.5S、rrn5S)位于IR区.其中 13个蛋白质编码基因[rps16、rps19(×2)、atpF、rpoC1、rpl2(x2)、petB、petD、rpll6、ndhB(x2)、ndhA]各含有 1 个内含子(intron),2个蛋白质编码基因(ycf3、clpP)各含有2个内含子,8个tRNA编码基因各含有1个内含子;共检测到34个SSR序列,其中A/T、AT/AT为重复单元的占91.18％,说明SSR偏好使用A和T碱基.系统发育分析显示欧地笋与硬毛地笋、青兰属的四个物种、活血丹、薄荷属的两个物种、夏枯草共计10个植物的亲缘关系最近.由此,研究中获得并分析了完整欧地笋叶绿体基因组的序列特征,明确了欧地笋与唇形科物种间的系统发育亲缘关系.
文献关键词：
唇形科;欧地笋;硬毛地笋;叶绿体基因组;序列特征;重复序列;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
杜清;王立强;陈卓尔;姜梅;陈海梅;曾晶;王彬;刘昶
作者机构：
青海民族大学药学院,青海省青藏高原植物化学重点实验室,青海西宁810007;中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所生物信息中心,北京100193;清新天正(北京)国际科技有限责任公司,北京100097;菏泽学院药学院,山东菏泽274015;湘南学院药学院,湖南郴州423099;齐鲁工业大学药学院,山东济南250200
文献出处：
引用格式：
[1]杜清;王立强;陈卓尔;姜梅;陈海梅;曾晶;王彬;刘昶-.欧地笋叶绿体全基因组序列特征及其系统发育分析)[J].药学学报,2022(07):2206-2215
A类：
欧地笋,Lycopus,europaeus,NOVOplasty,CPGAVAS2,ycfl,trnM,rrn16S,rrn23S,rrn4,rrn5S,petB,rpll6,硬毛地笋
B类：
叶绿体全基因组,全基因组序列,序列特征,系统发育分析,Linn,叶绿体基因组,药理作用,临床功效,唇形科,进化关系,Illumina,Hiseq,测序平台,瑞香狼毒,Stellera,chamaejasme,委陵菜,Potentilla,chinensis,类群,建系,系统进化树,系统发育关系,基因组全长,bp,蛋白编码,rRNA,tRNA,蛋白质编码基因,ndhB,rps7,rps12,rps19,rpl23,ycf2,CAU,trnL,CAA,trnN,GUU,trnE,UUC,trnV,GAC,trnA,UGC,trnR,ACG,rps16,atpF,rpoC1,x2,petD,ndhA,内含子,intron,ycf3,clpP,SSR,AT,好使,碱基,青兰,兰属,活血,薄荷,夏枯草,亲缘关系,种间,重复序列
AB值：
0.370237
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