典型文献
葵花大蓟叶绿体基因组结构特征及系统发育分析
文献摘要：
葵花大蓟(Cirsium souliei)是菊科(Compositae)、蓟属(Cirsium)的一种多年生药用草本植物,具有重要的药用和生态价值.基于高通量测序技术,本研究通过对葵花大蓟的叶绿体基因组测序、组装、注释和特征分析,结果发现葵花大蓟叶绿体基因组全长152 470 bp,为典型的环状四分体结构,GC含量为37.7％;叶绿体基因组共编码134个基因,其中蛋白编码基因89个,tRNA基因37个,rRNA基因8个;叶绿体基因组共检测到188个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,以单核苷酸重复为主;同时,密码子偏好性分析显示,亮氨酸(Leu)是使用频率最高的氨基酸(10.51％),同义密码子相对使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)值大于1的密码子有30个且以A/U结尾为主.此外,基于叶绿体基因组构建系统发育树,结果显示管状花亚科(Carduoideae)46种植物中,葵花大蓟与蓟属的翼蓟(C.vulgare)的亲缘关系最近,支持率高达100％,旨在为葵花大蓟遗传多样性、群体遗传结构、系统进化及物种形成机制提供理论依据.
文献关键词：
叶绿体基因组;系统发育;简单重复序列;IR区边界分析;葵花大蓟
中图分类号：
作者姓名：
郑长远;苏旭;刘玉萍;刘涛;王亚男;苏丹丹;张雨;秦娜
作者机构：
青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008;青海师范大学,青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室,青海西宁810008;青海师范大学高原科学与可持续发展研究院,青海西宁810016
文献出处：
引用格式：
[1]郑长远;苏旭;刘玉萍;刘涛;王亚男;苏丹丹;张雨;秦娜-.葵花大蓟叶绿体基因组结构特征及系统发育分析)[J].药学学报,2022(07):2224-2233
A类：
葵花大蓟,Cirsium,Carduoideae
B类：
叶绿体基因组,基因组结构,系统发育分析,souliei,菊科,Compositae,多年生,生药,草本植物,生态价值,高通量测序技术,基因组测序,基因组全长,bp,环状四分体,分体结构,蛋白编码,编码基因,tRNA,rRNA,简单重复序列,simple,sequence,repeats,SSR,单核苷酸,密码子偏好性,偏好性分析,亮氨酸,Leu,使用频率,同义密码子,relative,synonymous,codon,usage,RSCU,结尾,组构,建系,系统发育树,显示管,管状花,花亚科,vulgare,亲缘关系,支持率,遗传多样性,群体遗传结构,系统进化,物种形成,边界分析
AB值：
0.327472
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