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3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子偏好性分析
文献摘要：
目的 明确3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性,揭示影响其密码子使用偏性的因素,为后续研究奠定基础.方法 利用CodonW1.4.2、EMBOSS、SPSS19.0软件对木兰科木莲属植物粗梗木莲Manglietia crassipes Law、大果木莲Manglietia grandis Hu et Cheng、毛果木莲Manglietia ventii N.V.Tiep叶绿体基因组的密码子偏好性进行分析.结果 3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC平均含量为30.23％～32.50％,有效密码子数(ENC)均大于35％,表明其密码子的偏性较弱.中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明,3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响,也有部分基因受突变压力的影响.利用相对同义密码子使用度(RSCU)筛选出GUU、GUA、UCA、CCA、GCA等43个最优密码子,其中有35个以A/U结尾.结论 3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子偏好使用A/U结尾,其密码子使用偏性主要受自然选择影响,可为基因表达和基因载体选择等研究提供依据.
文献关键词：
木莲属;濒危药用植物;叶绿体基因组;最优密码子
中图分类号：
作者姓名：
杨林;谭萍;姜月影;舒军霞;王玉昌;王大玮
作者机构：
西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南 昆明 650224
文献出处：
引用格式：
[1]杨林;谭萍;姜月影;舒军霞;王玉昌;王大玮-.3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子偏好性分析)[J].中国中医药信息杂志,2022(08):93-99
A类：
毛果木莲,ventii,Tiep
B类：
木莲属,濒危药用植物,植物叶,叶绿体基因组,密码子偏好性,偏好性分析,使用偏好性,密码子使用偏性,CodonW1,EMBOSS,SPSS19,木兰科,Manglietia,crassipes,Law,大果,grandis,Hu,Cheng,碱基,有效密码子数,ENC,绘图,plot,PR2,自然选择,突变压力,相对同义密码子使用度,RSCU,GUU,GUA,UCA,CCA,GCA,最优密码子,结尾,好使,基因载体,载体选择
AB值：
0.249358
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