典型文献
红花龙胆叶绿体基因组特征及适应性进化分析
文献摘要：
红花龙胆(Gentiana rhodantha)为特色苗族药材,在治疗湿热黄疸、小便不利、肺热咳嗽等方面具有显著疗效,但在物种进化关系及分类鉴定方面存在争议.本研究对红花龙胆叶绿体基因组进行了二代、三代测序,并分析其结构特点及适应性进化分析.结果表明,红花龙胆叶绿体基因组全长148 844 bp,大单拷贝区(LSC)80 076 bp、小单拷贝区(SSC)17 596 bp和反向重复区(IR)25 586 bp,GC含量37.75％.共注释到124个基因,包括80个蛋白编码基因(CDS)、36个tRNA基因和8个rRNA基因;红花龙胆叶绿体基因组密码子偏好性较弱,影响因素主要是自然选择,最优密码子为CUU、UCU、UCA、CCA、ACU;MISA共发现169个SSR,其中单核苷酸重复最多(114个,67.50％),其次是二核苷酸重复(43个,25.44％);与同组及同属其他物种相比,红花龙胆叶绿体基因的Ka/Ks值基本小于1,表明在长期的进化过程中受到了较强的纯化选择,存在进化事件的光合作用基因psaI和表达相关基因rpl22、rps11出现组间差异,且系统发育分析结果支持红花龙胆与龙胆属狭蕊组聚为一支,并与其他组能够明显区别开,支持了狭蕊组独立成属的观点.本研究将为今后开展红花龙胆叶绿体基因工程、分子育种等研究提供参考依据.
文献关键词：
红花龙胆;叶绿体基因组;系统发育;适应性进化;密码子;简单重复序列
中图分类号：
作者姓名：
邓港;吴田泽;高冉冉;王梦月;刘霞;向丽
作者机构：
中国中医科学院中药研究所,中药鉴定与安全性评估北京市重点实验室,北京100700;武汉理工大学化学化工与生命科学学院,湖北武汉430070
文献出处：
引用格式：
[1]邓港;吴田泽;高冉冉;王梦月;刘霞;向丽-.红花龙胆叶绿体基因组特征及适应性进化分析)[J].药学学报,2022(10):3240-3253
A类：
rhodantha,psaI,rps11
B类：
红花龙胆,叶绿体基因组,基因组特征,适应性进化,进化分析,Gentiana,苗族,湿热黄疸,小便不利,咳嗽,物种进化,进化关系,分类鉴定,三代测序,基因组全长,bp,拷贝,LSC,SSC,重复区,蛋白编码,编码基因,CDS,tRNA,rRNA,密码子偏好性,自然选择,最优密码子,CUU,UCU,UCA,CCA,ACU,MISA,SSR,单核苷酸,同属,Ka,Ks,光合作用,rpl22,系统发育分析,龙胆属,立成,叶绿体基因工程,分子育种,简单重复序列
AB值：
0.331551
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
