典型文献
洋金花与木本曼陀罗叶绿体基因组特征与系统进化分析
文献摘要：
目的 以洋金花Datura metel和木本曼陀罗Brugmansia arborea为材料,分析其叶绿体基因组结构和特征,基于叶绿体组数据探讨洋金花和木本曼陀罗及茄科其他物种的系统发育关系.方法 利用华大MGISEQ-2000PE150测序平台,双末端测序策略对基因组DNA建库测序,用NOVOPlasty组装叶绿体基因组,采用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统进化树.结果 洋金花和木本曼陀罗的叶绿体基因组全长为155 934 bp和155 939 bp,分别包含131和130个基因,GC值32.3％,具有典型的四分区域结构,包括1个大单拷贝区(large single copy,LSC)、1对反向重复区(inverted repeats,IR)和 1 个小单拷贝区(small single copy,SSC),各区域序列长度分别为 86 354、86 278、25 609、25 720、18 362、18 221 bp.系统发育分析表明,洋金花与曼陀罗属的曼陀罗构成1单系分支,具有100％支持率,而木本曼陀罗属与曼陀罗属构成单系分支,具有100％支持率.结论 结果支持洋金花隶属于曼陀罗属,与曼陀罗亲缘关系较近,木本的木曼陀罗属从曼陀罗属分出,独立为一个属.洋金花和木本曼陀罗叶绿体基因组信息为后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础.
文献关键词：
洋金花;木本曼陀罗;叶绿体全基因组;组装;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
毕光耀;丁怡宁;王丽;胡赛文;李贺敏;雷明;张占江;夏至
作者机构：
河南农业大学农学院,河南郑州450046;方城县柳河农业技术推广区域站,河南方城473200;广西壮族自治区药用植物园,广西南宁530023
文献出处：
引用格式：
[1]毕光耀;丁怡宁;王丽;胡赛文;李贺敏;雷明;张占江;夏至-.洋金花与木本曼陀罗叶绿体基因组特征与系统进化分析)[J].中草药,2022(22):7191-7200
A类：
木本曼陀罗,metel,Brugmansia,arborea,MGISEQ,2000PE150,NOVOPlasty
B类：
洋金花,叶绿体基因组,基因组特征,系统进化分析,Datura,基因组结构,茄科,系统发育关系,测序平台,建库,最大似然法,maximum,likelihood,ML,建系,系统进化树,基因组全长,bp,四分,区域结构,拷贝,large,single,copy,LSC,重复区,inverted,repeats,small,SSC,系统发育分析,单系,支持率,成单,隶属于,亲缘关系,分出,立为,基因组信息,分子鉴定,群体遗传,遗传研究,叶绿体全基因组
AB值：
0.230806
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