典型文献
刺果甘草全基因组Survey及叶绿体基因组特征分析
文献摘要：
目的 基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究.方法 使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-mer方法对测序reads进行分析,估算刺果甘草基因组大小和杂合率,使用生物信息学方法进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析.结果 Survey分析结果显示其基因组大小约为577.82 Mb,杂合度约为0.31％,重复序列比例约为53.72％.叶绿体基因组长度为127,267 bp,不具有典型的四分体结构,总GC含量为34.32％,包含110个基因,其中76个蛋白质编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因.系统发育分析表明,刺果甘草与圆果甘草G.squamulosa Franch.亲缘较接近.结论 刺果甘草存在低杂合和重复序列较多的特点,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装,可尝试采用三代测序结合二代测序的分析策略进行基因组组装;刺果甘草叶绿体全基因组比对和系统发育分析,为后续开展甘草属遗传多样性研究和分子鉴定标记筛选提供了重要依据.
文献关键词：
刺果甘草;基因组Survey分析;叶绿体基因组;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
向如双;孙伟;段宝忠;王艳;Botir Khaitov;Atia tul Wahab;孟祥霄
作者机构：
大理大学药学院 大理 671000;中国中医科学院中药研究所中药鉴定与安全性评估北京市重点实验室 北京 100700;卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院化学研究所 卡拉奇 75270;国际生物盐农业中心 塔什干 100084;卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院分子医学与药物研究所 卡拉奇 75270
文献出处：
引用格式：
[1]向如双;孙伟;段宝忠;王艳;Botir Khaitov;Atia tul Wahab;孟祥霄-.刺果甘草全基因组Survey及叶绿体基因组特征分析)[J].世界科学技术-中医药现代化,2022(05):1781-1790
A类：
刺果甘草,pallidiflora,squamulosa
B类：
Survey,叶绿体基因组,基因组特征,Glycyrrhiza,Maxim,基因组大小,杂合率,基因组序列,序列特征,甘草属,二代测序技术,mer,reads,生物信息学方法,基因组组装,系统发育分析,Mb,杂合度,重复序列,组长,bp,四分体,分体结构,蛋白质编码基因,tRNA,rRNA,Franch,亲缘,拼接,试采,三代测序,分析策略,草叶,叶绿体全基因组,遗传多样性,多样性研究,分子鉴定,标记筛选
AB值：
0.275728
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
