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刺柏属4种药用植物叶绿体基因组密码子偏好性分析
文献摘要：
目的 明确刺柏属圆柏Juniperus chinensis、垂枝香柏J.pingii、昆明柏J.gaussenii和铺地柏J.procumbens 4种药用植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响其密码子偏好性的因素.方法 利用CodonW、CUSP、SPSS等软件对4种刺柏属药用植物叶绿体基因组密码子偏好性进行分析.结果 4种刺柏属药用植物叶绿体基因组密码子的GC含量在35.8％～37.3％,有效密码子数(effective number of codon,ENC)值在47.10～47.79,表明其密码子偏好性较弱.中性绘图、ENC-plot、PR2-plot分析表明影响4种刺柏属药用植物叶绿体基因组密码子使用偏性的因素有选择和突变.同时利用相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)值和ENC值筛选出共65个最优密码子,其中有9个密码子为4种刺柏属植物共有的最优密码子.结论 4种刺柏属药用植物密码子偏好使用A/T结尾,其密码子使用偏性主要受到自然选择的影响.通过对4种刺柏属植物叶绿体基因组密码子的使用偏性进行分析及外类群聚类分析验证,揭示影响其密码子使用偏性的主要因素,为后续刺柏属叶绿体基因组外源蛋白表达载体的构建及优化提供理论依据.
文献关键词：
刺柏属;圆柏;垂枝香柏;昆明柏;铺地柏;密码子偏好性;最优密码子;自然选择
中图分类号：
作者姓名：
舒军霞;杨林;周涛;沈莲文;王大玮
作者机构：
西南林业大学 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室,云南 昆明 650224;西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南昆明 650224
文献出处：
引用格式：
[1]舒军霞;杨林;周涛;沈莲文;王大玮-.刺柏属4种药用植物叶绿体基因组密码子偏好性分析)[J].中草药,2022(23):7507-7515
A类：
垂枝香柏,pingii,昆明柏,gaussenii,铺地柏
B类：
刺柏属,药用植物,植物叶,叶绿体基因组,密码子偏好性,偏好性分析,圆柏,Juniperus,chinensis,procumbens,使用偏好性,CodonW,CUSP,有效密码子数,effective,number,codon,ENC,绘图,plot,PR2,密码子使用偏性,相对同义密码子使用度,relative,synonymous,usage,RSCU,最优密码子,好使,结尾,自然选择,类群,群聚,分析验证,外源蛋白,表达载体
AB值：
0.183586
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