典型文献
八角枫及其亚种叶绿体基因组序列结构及系统发育分析
文献摘要：
八角枫为八角枫科Alangiaceae八角枫属Alangium常用药用植物,是贵州特色苗药之一,该属植物分化强烈、形态变异复杂,各药材活性成分和药效存在显著差异.本文利用Illumina高通量测序技术对八角枫亚种(稀花八角枫、伏毛八角枫)和毛八角枫叶绿体基因组进行测序,完成其组装注释与结构特征解析,并从NCBI下载同属植物八角枫、高山八角枫进行基因组比较分析.最后,选择NCBI中己发表的与八角枫科亲缘关系较近的物种进行系统发育树构建.结果如下:稀花八角枫、伏毛八角枫和毛八角枫叶绿体基因组全长为156 670、156 672、156 871 bp,为典型的四段式结构,均包含1个长单拷贝区(LSC)、1个短单拷贝区(SSC)及2个反向重复区(IRa和IRb).均注释到133个基因,其中包括88个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因.叶绿体基因组中均发现了正向重复、回文重复和反向重复3种类型的长重复序列和SSR位点.基因组比较分析表明5个物种边界过渡区域存在多样性,叶绿体基因组未发现重排或倒置,在ndhA、ycf1、rpl16、ycf2及petD等基因的编码区存在显著差异,这些位点为八角枫的分子鉴别提供了新位点.系统分析中毛八角枫单独聚为一支,稀花八角枫和伏毛八角枫聚为一支,支持率为93,亲缘关系较近,表明系统发育树可用于物种鉴别.本文可为八角枫属分类鉴定、保证八角枫药材临床用药安全及规范八角枫药材市场提供依据.
文献关键词：
八角枫;亚种;叶绿体基因组;重复序列;系统发育
中图分类号：
作者姓名：
杨小英;刘畅;曾宪法;刘雄伟;赵杰宏;俸婷婷;周英
作者机构：
贵州中医药大学药学院,药食两用资源应用与开发研究中心,贵州贵阳550025
文献出处：
引用格式：
[1]杨小英;刘畅;曾宪法;刘雄伟;赵杰宏;俸婷婷;周英-.八角枫及其亚种叶绿体基因组序列结构及系统发育分析)[J].药学学报,2022(10):3229-3239
A类：
Alangiaceae
B类：
亚种,叶绿体基因组,基因组序列,序列结构,系统发育分析,八角枫属,Alangium,常用药,药用植物,贵州特色,苗药,形态变异,活性成分,药效,Illumina,高通量测序技术,枫叶,特征解析,NCBI,下载,同属,高山,基因组比较,亲缘关系,系统发育树,基因组全长,bp,四段,段式,式结构,拷贝,LSC,SSC,重复区,IRa,IRb,蛋白编码,编码基因,tRNA,rRNA,回文,重复序列,SSR,过渡区域,重排,倒置,ndhA,ycf1,rpl16,ycf2,petD,编码区,分子鉴别,支持率,物种鉴别,分类鉴定,临床用药,用药安全,安全及规范
AB值：
0.331057
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