为了解广西壮族自治区鸭坦布苏病毒(duck Tembusu virus,DTMUV)流行毒株分子遗传特征,经RT-PCR对全基因组序列分段扩增,并克隆、测序及拼接,获得DTMUV全基因组序列,命名为GXQZ01-DTMUV-2020株.结果显示,该毒株基因组全长为10 991 bp,5'端UTR为94 bp,3'端UTR为619 bp,含有1个开放阅读框(ORF)为10 278 bp,编码3 425个氨基酸.相似性分析结果显示,GXQZ01-DTMUV-2020株与水禽源TMUV参考毒株的核苷酸相似性为85.7％～99.7％,氨基酸相似性为92.0％～100％;与NCBI上其他广西DTMUV流行株的核苷酸相似性为94.1％～98.5％,氨基酸相似性为97.7％～100％;与TMUV首个分离株MM_1775核苷酸相似性为85.8％～91.6％,氨基酸相似性为92.0％～98.5％.基于ORF、E及NS1基因绘制遗传进化树显示,GXQZ01-DTMUV-2020株与广西DTMUV流行株GX2012、GX2013E同属于2.1亚群,而广西的GX2011、GX2015株同国内其他DTMUV流行株属于2.2亚群,表明广西DTMUV流行株呈现不同的遗传进化趋势.重组分析结果显示,CHN-YC、AH2014、HB2016、HD2-2013株存在重组现象,而广西DTMUV毒株未检测到重组信号.利用BEAST软件对ORF、E及NS1基因遗传进化速率评估结果为1.146×10-3,1.467×10-3,1.319×10-3替换/(位点·年),表明E基因进化最快.本研究丰富了 DTMUV基因库信息,同时为广西地区DTMUV分子流行病学研究与防控技术制定提供基础数据.

鸭坦布苏病毒;全基因组测序;遗传进化

谢守玉;熊陈勇;施开创;李军;郑敏;韦显凯;冯淑萍;屈素洁;龙凤;杨蓉;陆文俊;骆永泉;钟华训;侯慧贤;覃婉婷;韦慧琦;尹彦文

广西动物疫病预防控制中心,广西南宁530001;广西大学动物科学技术学院,广西南宁530005;贺州市水产畜牧站,广西贺州542699

中国兽医学报

[1]谢守玉;熊陈勇;施开创;李军;郑敏;韦显凯;冯淑萍;屈素洁;龙凤;杨蓉;陆文俊;骆永泉;钟华训;侯慧贤;覃婉婷;韦慧琦;尹彦文-.广西鸭坦布苏病毒流行株GXQZ01-DTMUV-2020全基因组序列分子特征分析)[J].中国兽医学报,2022(12):2385-2393,2433

GXQZ01,GX2012,GX2013E,GX2011,GX2015,AH2014,HB2016

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