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2020年福州哨点医院5岁以下住院腹泻儿童A组轮状病毒全基因组分析
文献摘要：
目的:了解2020年福州市哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便样本中A组轮状病毒(group A rotavirus, RVA)的基因组特征。方法:通过ELISA对腹泻住院儿童粪便样本进行RVA筛查，采用RT-PCR方法扩增RVA阳性样本的11个基因节段并进行Illumina二代测序，使用MEGA等生物学软件对重要基因片段进行序列分析和抗原位点分析。结果:成功获得20株RVA全基因组序列，包括4种G/P基因组合G9P[8](55%)、G3P[8](25%)、G8P[8](15%)以及G2P[4](5%)，全基因组中DS-1-like重配株比例占40%(8/20)。相同型别的RVA序列同源性高，且与现今世界流行的毒株亲缘关系近。VP7、VP4和NSP4片段氨基酸位点变异情况复杂，重要抗原位点存在多处氨基酸变异情况发生。结论:在福州地区首次检测到G3P[8]型和G8P[8]型DS-1-like重配株，VP7、VP4和NSP4片段抗原位点上存在变异。鉴于不常见DS-1-like重配株的检出和多个重要抗原位点变异现象的出现，有必要对RVA全基因组特征进行持续监测，为疫情防控和疫苗的免疫策略提供科学依据。
文献关键词：
A组轮状病毒;全基因组;基因重配
中图分类号：
作者姓名：
蒋弘萌;吴冰珊;黄枝妙;翁育伟;林卫东;郑奎城
作者机构：
福建医科大学公共卫生学院，福州 350122;福建省疾病预防控制中心 福建省人兽共患病研究重点实验室，福州 350001;福建省预防医学研究院，福州 350001;福州市儿童医院，福州 350004
文献出处：
引用格式：
[1]蒋弘萌;吴冰珊;黄枝妙;翁育伟;林卫东;郑奎城-.2020年福州哨点医院5岁以下住院腹泻儿童A组轮状病毒全基因组分析)[J].中华实验和临床病毒学杂志,2022(01):21-28
A类：
G8P,基因重配
B类：
哨点医院,轮状病毒,全基因组分析,福州市,下腹,住院儿童,粪便样本,group,rotavirus,RVA,阳性样本,节段,Illumina,二代测序,MEGA,序列分析,抗原位点,全基因组序列,基因组合,G9P,G3P,G2P,DS,like,型别,序列同源性,毒株,亲缘关系,VP7,VP4,NSP4,氨基酸位点,点变异,变异情况,重要抗原,多处,氨基酸变异,福州地区,不常,全基因组特征,持续监测,免疫策略
AB值：
0.333451
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