典型文献
一起新型冠状病毒暴发疫情的基因组特征与溯源分析
文献摘要：
目的:了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征，分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法:收集病例急性期咽拭子标本，应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果:核酸检测显示，70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27)，N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示，同武汉参考株(NC_045512)序列相比，测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点，共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点，其中S蛋白区核苷酸突变位点9个，氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点，基因组高度同源，属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论:应对境外输入性COVID-19进行持续监测，适当延长隔离观察期限，降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险；通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况，进行快速溯源，为我省后续精准防控提供有力依据。
文献关键词：
新型冠状病毒;德尔塔变异株;基因组特征;核苷酸突变;氨基酸突变
中图分类号：
作者姓名：
李懿;宋云;毋碧聪;卢世栋;朱琳;李东晓;张白帆;胡晓;卫海燕;赵升;马红霞;叶莹;黄学勇;郭万申
作者机构：
河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所，河南省传染病病原生物重点实验室，郑州 450016
文献出处：
引用格式：
[1]李懿;宋云;毋碧聪;卢世栋;朱琳;李东晓;张白帆;胡晓;卫海燕;赵升;马红霞;叶莹;黄学勇;郭万申-.一起新型冠状病毒暴发疫情的基因组特征与溯源分析)[J].中华微生物学和免疫学杂志,2022(04):245-250
A类：
B类：
暴发疫情,基因组特征,溯源分析,SARS,CoV,氨基酸变异,变异情况,急性期,咽拭子,阳性样本,基因序列,序列测定,全基因组序列,序列比对,比对分析,核酸检测,阳性标本,ORF1ab,Ct,中位数,NC,核苷酸突变,突变位点,变异位点,白区,日俄,输入病例,VOC,Delta,AY,进化分支,境外输入,输入性,持续监测,隔离观察,观察期,期限,病毒基因组,我省,精准防控,德尔塔变异株,氨基酸突变
AB值：
0.312023
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