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两株娄彻氏链霉菌基因组分析
文献摘要：
本研究以一株分离自塔克拉玛干沙漠骆驼蓬的娄彻氏链霉菌TRM65215和一株分离自胡杨湿地的娄彻氏链霉菌TRM68008为研究对象,探究其基因组差异及代谢潜能.对两株娄彻氏链霉菌进行16S rRNA基因鉴定,两株菌均与Strepto-myces rochei NRRL B-2410为同种.通过对两株菌进行全基因组测序并构建全基因组系统发育进化树,利用GO数据库、COG数据库及KEGG数据库对两株菌进行功能基因注释,发现TRM68008具有数量更多及种类更丰富的功能基因;通过antiS-MASH预测两株菌潜在的次级代谢产物生物合成基因簇,得到TRM65215中含有30个次级代谢产物合成基因簇,TRM68008中含有36个次级代谢产物合成基因簇.TRM65215与TRM68008有20个相似的基因簇,TRM65215含有4个特有的次级代谢产物合成基因簇,TRM68008含有9个特有的次级代谢产物合成基因簇;使用OrthoVenn2数据库进行基因组同源分析,得到TRM65215和TRM68008共有5686个直系同源簇.两株菌虽同为娄彻氏链霉菌,但在基因及代谢方面仍存在极大差异,因此对于菌株的鉴定仍需要更多的鉴定方法及手段.本研究通过对两株娄彻氏链霉菌进行基因组分析及代谢潜能探究,为后续次级代谢产物挖掘提供理论依据.
文献关键词：
娄彻氏链霉菌;基因组预测;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
王雪竹;罗晓霞;张利莉
作者机构：
塔里木大学生命科学与技术学院,新疆 阿拉尔 843300;塔里木盆地生物资源保护利用兵团重点实验室,新疆 阿拉尔 843300
文献出处：
引用格式：
[1]王雪竹;罗晓霞;张利莉-.两株娄彻氏链霉菌基因组分析)[J].塔里木大学学报,2022(04):1-10
A类：
TRM65215,TRM68008,antiS,OrthoVenn2
B类：
两株,娄彻氏链霉菌,基因组分析,一株,塔克拉玛干沙漠,骆驼蓬,胡杨,16S,rRNA,基因鉴定,Strepto,myces,rochei,NRRL,全基因组测序,系统发育进化树,COG,功能基因注释,MASH,次级代谢产物,生物合成基因簇,产物合成,同源分析,直系,代谢方,鉴定方法,基因组预测
AB值：
0.212741
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