典型文献
甘薯近缘二倍体野生种TPS家族全基因组鉴定及表达分析
文献摘要：
为了解析六倍体甘薯的海藻糖-6-磷酸合成酶(Trehalose-6-phosphate synthase,TPS)基因家族的结构和功能,为甘薯的分子遗传改良提供候选基因,利用生物信息学方法对甘薯的2个近缘二倍体野生种三浅裂野牵牛(Ipomoea trifida)和三裂叶薯(Ipomoea triloba)进行TPS家族成员鉴定并构建系统进化树,后对其理化性质、结构域、染色体定位、组织表达模式及不同胁迫下的表达模式进行分析.结果显示,全基因组鉴定得到了10个ItfTPS和10个ItbTPS,二者高度同源,聚类结果一致,其中TPSⅠ包含2个基因,TPSⅡ包含8个基因,除Itf/ItbTPS3与水稻亲缘关系更近外,其余基因与拟南芥的亲缘关系更近;Itf/ItbTPS基因编码842～940个氨基酸,均为酸性蛋白,多位于细胞核和细胞质中.结构分析发现,TPSI中Itf/ItbTPS1、Itf/ItbTPS2的motif数分别为7个和8个,外显子数分别为17个和18个;TPSII类均含有10个motif,且外显子数量多为3个;此外,所有Itf/ItbTPS家族成员均含有PF00982和PF02358保守结构域,且染色体定位一致,说明TPS在进化过程中具有保守性.表达模式分析显示,Itf/ItbTPS8无差异表达而Itf/ItbTPS7、ItbTPS1均不表达,Itf/ItbTPS3在根中特异高表达且低温胁迫后表达量升高;低温胁迫后ItfTPS5和高温胁迫后ItbTPS5的表达量降低,可能通过调控海藻糖合成来抵御温度胁迫.
文献关键词：
甘薯;三浅裂野牵牛;三裂叶薯;生物信息学方法;海藻糖-6-磷酸合成酶;基因家族
中图分类号：
作者姓名：
梁璇;李鹏;杨哲;贾小云;王文斌
作者机构：
山西农业大学 生命科学学院,山西 太谷 030801
文献出处：
引用格式：
[1]梁璇;李鹏;杨哲;贾小云;王文斌-.甘薯近缘二倍体野生种TPS家族全基因组鉴定及表达分析)[J].山西农业科学,2022(05):605-612
A类：
三浅裂野牵牛,triloba,ItfTPS,ItbTPS,Itf,ItbTPS3,TPSI,ItbTPS1,ItbTPS2,TPSII,PF00982,PF02358,ItbTPS8,ItbTPS7,ItfTPS5,ItbTPS5
B类：
甘薯,近缘,二倍体,野生种,全基因组鉴定,表达分析,六倍,海藻糖,合成酶,Trehalose,phosphate,synthase,基因家族,结构和功能,分子遗传,遗传改良,候选基因,利用生物,生物信息学方法,Ipomoea,trifida,三裂叶薯,成员鉴定,建系,系统进化树,染色体定位,组织表达模式,水稻,亲缘关系,拟南芥,基因编码,细胞核,细胞质,motif,外显子,保守结构域,保守性,表达模式分析,差异表达,低温胁迫,高温胁迫,温度胁迫
AB值：
0.238661
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