典型文献
莲雾PG基因家族全基因组鉴定及表达分析
文献摘要：
[目的]鉴定并分析莲雾[Syzygium samarangense(Bl.)Merr.et Perry]多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG)基因家族,为莲雾裂果相关调控分子机制的探究提供参考.[方法]利用生物信息学方法对莲雾PG基因家族进行鉴定和分析,并基于转录组和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证分析SsPGs在不同组织器官中以及外源脱落酸(abscisic acid,ABA)喷施果实后在果皮中的表达情况.[结果]莲雾全基因组共鉴出25个SsPGs成员,随机分布在10条染色体上,并出现了基因串联重复现象.系统发育分析表明,莲雾、拟南芥、番茄、苹果、葡萄和枣的PG蛋白分为7类(Group A～G);除了 Group G的SsPGl外,其余SsPGs都具有PG基因家族高度保守结构域,在进化过程中主要受纯化选择作用的影响.基因结构分析显示,SsPGs基因家族的蛋白基序出现明显的区组性序列同源性和保守性,且所有基因都含有内含子;表达模式分析显示,SsPG12、SsPG13和SsPG24在根中特异性表达,SsPG25在根和果肉中特异性表达,SsPG2和SsPG4在根、茎、叶、花、子房和果肉中高表达,SsPG22在果肉和叶子中高表达,SsPG18在子房中低表达;这说明SsPGs可能与营养和生殖生长有关,参与激素信号、光合作用以及抗病等不同信号转导途径.果皮喷施外源ABA后,PG活性显著提高,随着果实成熟达到最大值,随后下降.qRT-PCR表明,外源ABA处理后,果皮中SsPG2和SsPG4的表达均有所上调,且SsPG4的相对表达量在SsPGs基因家族中最高.[结论]SsPGs在莲雾营养和生殖生长过程中可能具有不同的功能,参与不同的信号转导途径,其中SsPG2、SsPG4、SsPG18和SsPG22在莲雾PG活性的变化和果实开裂中可能起重要作用.
文献关键词：
莲雾;PG基因家族;生物信息学;基因鉴定;表达分析
中图分类号：
作者姓名：
陈迪飞;魏秀清;许玲;许家辉;曾黎辉
作者机构：
福建农林大学园艺学院,福州350002;福建农林大学园艺植物遗传育种研究所,福州350002;福建省农业科学院果树研究所,福州350013
文献出处：
引用格式：
[1]陈迪飞;魏秀清;许玲;许家辉;曾黎辉-.莲雾PG基因家族全基因组鉴定及表达分析)[J].果树学报,2022(04):548-563
A类：
SsPGs,SsPGl,SsPG12,SsPG13,SsPG24,SsPG25,SsPG2,SsPG4,SsPG22,SsPG18
B类：
莲雾,基因家族,全基因组鉴定,表达分析,Syzygium,samarangense,Bl,Merr,et,Perry,多聚半乳糖醛酸酶,polygalacturonase,裂果,利用生物,生物信息学方法,转录组,quantitative,real,qRT,验证分析,不同组织,组织器官,外源脱落酸,abscisic,acid,ABA,喷施,果皮,随机分布,复现,系统发育分析,拟南芥,番茄,苹果,Group,保守结构域,选择作用,基因结构,基序,序列同源性,保守性,内含子,表达模式分析,特异性表达,果肉,子房,叶子,房中,低表达,生殖生长,激素信号,光合作用,信号转导途径,果实成熟,相对表达量,生长过程,基因鉴定
AB值：
0.28172
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