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银杏BBX家族生物信息学鉴定及表达分析
文献摘要：
转录因子B-box(BBX)属于锌指蛋白家族的一个亚家族,在植物生长、发育和非生物胁迫响应途径中表现出多种生物学功能.该研究根据基于隐马尔可夫模型(HMM)的图谱(B-box型锌指结构域,PF00643),使用SMART和Pfam数据库筛选和验证了银杏(Ginkgo biloba)全基因组注释蛋白质,从中鉴定出12个GbBBX基因,并对GbBBX蛋白成员的保守结构域、基因结构、系统发育关系和组织表达谱进行了分析.结果表明:GbBBX蛋白家族包含1～2个保守的B-box型锌指蛋白结构域和1个CCT型结构域;GbBBX基因家族的外显子数量在1～5个之间,75％的家族成员外显子数量为3或5个;与拟南芥和番茄的BBX蛋白构建的邻接(NJ)系统发育树显示,大部分的GbBBX蛋白被聚集在进化枝I中,而拟南芥和番茄的BBX蛋白聚集在其他4个进化枝中;GbBBX在植物发育、激素和胁迫反应相关途径中富集;GbBBX基因在各组织中组成型表达,推测GbBBX基因可能参与了银杏各组织的生长发育调控.
文献关键词：
银杏;BBX转录因子;表达分析;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
王立芹;曹振玉;何长流;王小青;李路文;杨美玲
作者机构：
临沂市森林湿地保护中心,山东 临沂 276001;临沂科技职业学院,山东 临沂 276025
文献出处：
引用格式：
[1]王立芹;曹振玉;何长流;王小青;李路文;杨美玲-.银杏BBX家族生物信息学鉴定及表达分析)[J].湖南农业科学,2022(11):8-14
A类：
PF00643,GbBBX
B类：
银杏,生物信息学鉴定,表达分析,box,锌指蛋白家族,亚家族,植物生长,非生物胁迫,胁迫响应,生物学功能,究根,隐马尔可夫模型,HMM,SMART,Pfam,Ginkgo,biloba,全基因组,基因组注释,保守结构域,基因结构,系统发育关系,组织表达谱,蛋白结构域,CCT,基因家族,外显子,员外,拟南芥,番茄,邻接,NJ,系统发育树,植物发育,胁迫反应,相关途径,中富,组成型表达,发育调控
AB值：
0.334722
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