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甜瓜SnRK2基因家族的鉴定与特征分析
文献摘要：
蔗糖非发酵型蛋白激酶2(Sucrose non-fermenting-1-related protein kinase2,SnRK2)是一类具有丝氨酸/苏氨酸特定结构域的蛋白质磷酸化酶,在ABA信号介导和非生物胁迫应答方面起到重要作用.以甜瓜为研究对象,使用生物信息学分析方法,对甜瓜SnRK2基因家族进行鉴定及相关特征分析,包括构建系统发育进化树,以及基因理化性质、基因结构及保守结构域、染色体定位、共线性分析、基因的上游顺式作用元件及转录组数据热图分析等,为甜瓜SnRK2基因的功能分析和研究奠定一定的理论基础.结果表明,在甜瓜基因组中共鉴定出9个SnRK2基因家族成员.主要定位在细胞骨架中,以α-螺旋和不规则卷曲为主,分子质量为31.49～75.02ku,等电点为4.42-6.21.其可分为3个亚族,分布在4条染色体上.启动子分析结果显示,在甜瓜SnRK2基因的调控序列中有多个植物激素和逆境胁迫相关响应元件.组织表达分析结果表明,有些甜瓜SnRK2基因在不同组织中呈组成型表达,有些基因则具有显著的组织特异性.
文献关键词：
甜瓜;SnRK2基因家族;鉴定;系统进化分析;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
刘成功;李壑;韩子超;苏婷婷;张月洋;张尧;李忠晴;王爱英;祝建波
作者机构：
石河子大学生命科学学院农业生物技术重点实验室,新疆石河子832061
文献出处：
引用格式：
[1]刘成功;李壑;韩子超;苏婷婷;张月洋;张尧;李忠晴;王爱英;祝建波-.甜瓜SnRK2基因家族的鉴定与特征分析)[J].河南农业科学,2022(05):108-116
A类：
kinase2,02ku
B类：
甜瓜,SnRK2,基因家族,蔗糖,发酵型,蛋白激酶,Sucrose,fermenting,related,protein,丝氨酸,苏氨酸,定结构,蛋白质磷酸化,磷酸化酶,ABA,非生物胁迫,胁迫应答,生物信息学分析,建系,系统发育进化树,基因结构,保守结构域,染色体定位,共线性分析,顺式作用元件,转录组数据,热图分析,功能分析,分析和研究,细胞骨架,卷曲,分子质量,等电点,启动子分析,调控序列,植物激素,逆境胁迫,响应元,组织表达分析,不同组织,组成型表达,组织特异性,系统进化分析
AB值：
0.380886
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