典型文献
沙鞭转录组简单重复序列(SSR)位点特征分析
文献摘要：
沙鞭是禾本科、沙鞭属的一种多年生大型根茎类草本植物,主要分布于青海柴达木盆地和内蒙古高原及其毗邻荒漠地区,具有较强的耐旱、耐寒、耐碱、抗风沙和抗病能力.本研究使用MISA(Microsatellite identification tool)软件对沙鞭全长转录组测序获得的184076条Unigenes的SSR位点进行搜索和特征分析,共获得3563个SSR重复序列,分布于56824条Unigenes上,SSR发生和出现频率分别为30.87％ 和50.83％;重复类型以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主.单核苷酸重复中,(A/T)n基元类型占总SSR位点的42.26％;二核苷酸重复优势基元类型为(AG/CT)n,占总SSR位点的9.29％.SSR数量随重复次数增加而降低;重复次数类型随基元序列长度增长而减少.此外,本研究还得到沙鞭29444条和10864条Unigenes的KOG和GO注释,其主要集中于翻译后修饰、蛋白质周转、催化活性和代谢过程.因此,本研究认为沙鞭转录组SSR序列呈现较高的多态性潜能,具有较大的开发价值,为今后沙鞭分子标记开发、辅助育种、种质资源评价提供了理论依据.
文献关键词：
禾本科;沙鞭;转录组;SSR;微卫星
中图分类号：
作者姓名：
毛轩睿;刘玉萍;苏旭;富贵;陈金元;郑长远;刘涛;吕婷;张雨;胡夏宇;杨萍
作者机构：
青海师范大学生命科学学院,青海西宁810008;青海师范大学高原科学与可持续发展研究院,青海西宁810016;青海师范大学青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室,青海西宁810008;青海师范大学青藏高原地表过程与生态保育教育部重点实验室,青海西宁810008;青海师范大学地理科学学院,青海西宁810008
文献出处：
引用格式：
[1]毛轩睿;刘玉萍;苏旭;富贵;陈金元;郑长远;刘涛;吕婷;张雨;胡夏宇;杨萍-.沙鞭转录组简单重复序列(SSR)位点特征分析)[J].草地学报,2022(08):1990-2001
A类：
青海柴达木盆地
B类：
沙鞭,简单重复序列,SSR,点特征,禾本科,多年生,根茎类,草本植物,内蒙古高原,毗邻,荒漠地区,耐旱,耐寒,耐碱,抗风沙,抗病能力,MISA,Microsatellite,identification,tool,全长转录组测序,Unigenes,共获,重复类型,单核苷酸,基元,AG,复次,度增长,KOG,翻译后修饰,周转,催化活性,代谢过程,多态性,开发价值,分子标记开发,辅助育种,种质资源,资源评价,微卫星
AB值：
0.352523
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