典型文献
基于流式细胞法和K-mer分析法检测沙鞭基因组大小
文献摘要：
禾本科沙鞭属仅包含沙鞭一个种.沙鞭具有根茎繁殖、克隆整合等典型沙生植物特征,是我国内蒙古高原非固定沙地的建群种.本研究采用流式细胞术和K-mer分析方法测定沙鞭基因组大小,建立和优化以芨芨草为内参物种、青海固沙草和方穗山羊草为外参物种的二倍体植物DNA含量(DNA C值)测定体系.研究结果表明:1)沙鞭流式细胞峰值荧光是青海固沙草的2.54倍,是芨芨草的1.35倍,峰值信号远小于方穗山羊草,推测沙鞭基因组大小约为1580.10±5.02 Mb;2)K-mer分析结果表明,沙鞭基因组大小为1563.54 Mb,杂合率1.15％,重复序列比例为66.27％,基因组GC含量为43.4％,属于高杂合、高重复的复杂基因组;3)沙鞭基因组可使用PacBio平台CLR或HiFi模式进行三代测序,测序深度应不低于20×.沙鞭基因组大小的准确测定不仅补充了禾本科针茅族植物的DNA含量数据,同时也为沙鞭基因组测序、进化基因组研究、种质资源开发和利用以及遗传资源保护提供了数据参考,可为针茅族近缘物种基因组大小测定提供借鉴.
文献关键词：
基因组大小;DNA C值;流式细胞术;基因组survey测序;K-mer分析
中图分类号：
作者姓名：
刘涛;刘玉萍;富贵;吕婷;刘峰;张雨;苏丹丹;王亚男;郑长远;苏旭
作者机构：
青海师范大学地理科学学院,青海 西宁 810008;青海师范大学生命科学学院,青海 西宁 810008;高原科学与可持续发展研究院,青海 西宁810016;青海师范大学青藏高原地表过程与生态保育教育部重点实验室,青海 西宁 810008
文献出处：
引用格式：
[1]刘涛;刘玉萍;富贵;吕婷;刘峰;张雨;苏丹丹;王亚男;郑长远;苏旭-.基于流式细胞法和K-mer分析法检测沙鞭基因组大小)[J].草业学报,2022(12):133-145
A类：
B类：
流式细胞法,mer,沙鞭,基因组大小,禾本科,含沙,根茎,克隆整合,沙生植物,内蒙古高原,沙地,建群种,流式细胞术,芨芨草,内参,海固,固沙,沙草,山羊草,二倍体,光是,Mb,杂合率,重复序列,PacBio,CLR,HiFi,三代测序,基因组测序,基因组研究,种质资源,开发和利用,遗传资源保护,近缘,survey
AB值：
0.332286
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