典型文献
家蚕茧层率相关基因筛选及其功能分析
文献摘要：
[目的]挖掘家蚕茧层率相关基因,以期为家蚕茧层率性状分子遗传改良提供参考依据.[方法]以多丝量家蚕品种菁松和中丝量家蚕品种芙蓉为亲本构建BC1代分离群体.在BC1代雄性群体中挑选极端高/低茧层率个体构建子代DNA混池,运用BSA-seq方法对茧层率关联区域进行定位,并运用BLAST软件对关联区域的编码基因进行GO和KEGG等数据库注释及功能预测.[结果]重测序数据与家蚕参考基因组平均比对率为98.86％,平均基因组覆盖度为95.79％(1×)和88.63％(5×);变异检测共获得26 557 646个SNPs;?(SNP-index)定位到3个与茧层率显著相关的区域,分别为Chr.2:4 430～4 930 kb、Chr.4:12 350～12 920 kb和Chr.13:3 230～3 730 kb,共包含70个编码基因.通过GO与KEGG注释,有58个基因注释到GO数据库,涉及生物过程、分子功能和细胞组分三大类;有19个基因注释到KEGG通路,分布于34个代谢通路中.通过KEGG代谢通路分析,筛选出10个可能对家蚕茧层率有重要调控作用的基因,推测其参与了家蚕丝腺细胞运动、能量代谢和蛋白质合成加工.[结论]运用BSA-seq方法在家蚕第2、4和13号染色体上定位到与茧层率关联的区域,筛选到10个可能与茧层率密切相关的候选基因,为茧层率关键调控基因精细定位及克隆奠定基础.
文献关键词：
家蚕;茧层率;BSA-seq;基因注释
中图分类号：
作者姓名：
任晓晓;孙运朋;卿卓;杨万军;罗朝斌
作者机构：
贵州省农业科学院蚕业研究所,贵州 贵阳 550006
文献出处：
引用格式：
[1]任晓晓;孙运朋;卿卓;杨万军;罗朝斌-.家蚕茧层率相关基因筛选及其功能分析)[J].福建农业学报,2022(07):841-849
A类：
B类：
蚕茧,茧层率,率相关,基因筛选,功能分析,率性,分子遗传,遗传改良,多丝,家蚕品种,芙蓉,亲本,BC1,分离群体,子代,BSA,seq,关联区域,BLAST,对关联,编码基因,功能预测,重测序,序数,参考基因,覆盖度,变异检测,共获,SNPs,Chr,kb,基因注释,生物过程,代谢通路分析,蚕丝,丝腺,腺细胞,细胞运动,能量代谢,蛋白质合成,候选基因,调控基因,基因精细定位
AB值：
0.30522
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