典型文献
基于RNA-seq技术挖掘鹌鹑羽色自别雌雄相关基因
文献摘要：
鹌鹑的羽色自别雌雄现象是由性染色体上的基因决定的,但具体的分子机制未知.本研究以北京白羽公鹌鹑和朝鲜栗羽母鹌鹑为研究对象,利用RNA-seq技术分析了F1公鹑和F1母鹑胚胎期第10天皮肤组织样品的转录组,以筛选调控鹌鹑羽色自别雌雄的关键基因,并利用qRT-PCR技术进行验证.结果表明:RNA-Seq共得到38.94 G的原始数据,平均每个样本获得了6.49 G的原始数据,6个库的Q30均在90％以上,GC含量平均值为49.7％,所测样品至少89％的reads比对到参考基因组上.通过数据库比对共得到16013个基因,其中,上调基因69个,下调基因22个.GO富集分析发现有13841个基因注释到GO数据库中,其中包含78个差异表达基因.KEGG富集结果显示,有22个差异基因富集到38条通路中.对全部差异基因进行筛选,得到了7个与羽色表型相关的基因,分别是DCT、MLANA、SLC45A2、TYRP1、TRPM1、FAM174A和KIT.qRT-PCR结果表明,候选基因均在栗羽鹌鹑中高表达,与RNA-seq结果一致,这7个候选基因可能与自别雌雄有关.
文献关键词：
鹌鹑;羽色;自别雌雄;转录组;基因表达
中图分类号：
作者姓名：
王乾昆;张小辉;庞有志;祁艳霞;雷莹;白俊艳;户运奇;赵毅威;苑志文;王涛
作者机构：
河南科技大学 动物科技学院,河南 洛阳471003;洛阳市动物遗传育种重点实验室,河南 洛阳471003
文献出处：
引用格式：
[1]王乾昆;张小辉;庞有志;祁艳霞;雷莹;白俊艳;户运奇;赵毅威;苑志文;王涛-.基于RNA-seq技术挖掘鹌鹑羽色自别雌雄相关基因)[J].浙江农业学报,2022(03):498-506
A类：
MLANA,SLC45A2,TRPM1,FAM174A
B类：
seq,鹌鹑,羽色,自别雌雄,性染色体,京白,朝鲜,胚胎期,皮肤组织,转录组,选调,关键基因,qRT,Seq,原始数据,Q30,reads,参考基因,库比,富集分析,基因注释,差异表达基因,集结,差异基因,基因富集,DCT,TYRP1,KIT,候选基因
AB值：
0.308232
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