典型文献
山桐子IpSAD基因家族分析及功能鉴定
文献摘要：
[目的]硬脂酰-ACPΔ9脱氢酶(stearoyl-ACPΔ9 desaturase,SAD)是决定脂肪酸组成的关键酶,分离和鉴定木本油料植物山桐子(Idesia polycarpa)的SAD基因,可为遗传改良山桐子油的脂肪酸组成提供基因资源.[方法]使用HMM和Blastp鉴定山桐子全基因组中的SAD家族成员;利用MEGA X、MEME和PlantCare等在线软件对其蛋白质理化性质、系统发育关系、基因结构、保守基序和启动子顺式调控元件等进行分析;使用MCSCANX分析山桐子和毛果杨SAD基因之间的共线性关系;基于RNA-seq数据,分析IpSAD各成员的表达模式,通过病毒诱导的基因沉默技术(virus induced gene silencing,VIGS)快速验证它们的生物学功能.[结果]①在山桐子基因组中共鉴定到7个IpSAD基因(IpSAD1～7),多重序列比对结果显示各成员间序列相似度较高且结构域保守;②系统发育分析表明,IpSAD成员可以分为3个亚组,与拟南芥SAD家族的分类结果一致,拟南芥单不饱和油酸合成关键基因AtSSI2与山桐子IpSAD2、IpSAD3、IpSAD4的亲缘关系较近;③启动子区域顺势调控元件预测结果显示IpSAD基因的启动子含有光反应、脱落酸响应等顺式调控元件;④IpSAD基因按其组织表达模式可分为3类,第1类和第2类成员在大部分组织中表达量较低,而第3类成员在所有组织中表达量均较高.⑤沉默IpSAD基因使叶片的油酸含量显著降低,其中IpSAD3的沉默可使油酸含量下降76％.[结论]明确了IpSAD家族各成员的基本特征,确定了它们对于油酸合成的生物学功能,并为山桐子油脂生物合成调控机制研究奠定了基础.
文献关键词：
山桐子;硬脂酰-ACP Δ9;油酸;病毒诱导基因沉默
中图分类号：
作者姓名：
龚珏;毕浩;杨雯露;王东明;王乐辉;姜渊忠;马涛
作者机构：
四川大学生命科学学院,四川 成都 610064;四川省资阳市雁江区农业农村局,四川 资阳 641300;四川丹桐科技有限公司,四川 成都 610014
文献出处：
引用格式：
[1]龚珏;毕浩;杨雯露;王东明;王乐辉;姜渊忠;马涛-.山桐子IpSAD基因家族分析及功能鉴定)[J].南京林业大学学报（自然科学版）,2022(06):261-270
A类：
IpSAD,Idesia,PlantCare,MCSCANX,IpSAD1,AtSSI2,IpSAD2,IpSAD3,IpSAD4
B类：
基因家族分析,功能鉴定,硬脂,ACP,stearoyl,desaturase,脂肪酸组成,关键酶,木本油料植物,polycarpa,遗传改良,山桐子油,基因资源,HMM,Blastp,全基因组,MEGA,MEME,系统发育关系,基因结构,保守基序,顺式调控元件,毛果杨,共线性,seq,病毒诱导的基因沉默,virus,induced,gene,silencing,VIGS,生物学功能,序列比对,结构域,系统发育分析,拟南芥,不饱和,关键基因,亲缘关系,启动子区域,顺势,光反应,脱落酸,组织表达模式,组织中表达,有组织,油酸含量,油脂,生物合成调控,调控机制,病毒诱导基因沉默
AB值：
0.270317
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