典型文献
核桃Q型C2H2锌指蛋白基因家族全基因组鉴定及表达分析
文献摘要：
[目的]Q型C2H2锌指蛋白在植物抵抗非生物胁迫中起重要作用.为深入了解核桃Q型C2H2锌指蛋白基因家族在核桃全基因组中的特征,对核桃Q型C2H2锌指蛋白(JrZFP)基因家族进行全基因组鉴定与分析,并研究其在核桃干旱和盐胁迫应答过程中的表达模式.[方法]利用生物信息学方法鉴定了核桃全基因组中的Q型C2H2锌指蛋白基因家族成员,并对其理化性质、染色体定位、进化关系和基因结构进行分析;根据JrZFP基因家族进化树随机挑选15个JrZFP基因,并通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)方法检测15个基因在干旱和盐胁迫下的响应特性.[结果]在核桃中共鉴定出82个Q型C2H2锌指蛋白基因,其蛋白质序列长度介于59～636个氨基酸之间,亚细胞定位主要位于细胞核中;该基因家族成员不均匀分布在15条染色体上,其中有11对JrZFPs基因为串联重复基因,63个JrZFP基因参与片段重复事件;基因结构分析表明,75个JrZFP基因无内含子,其余成员含有1～10个外显子;上游启动子区分析发现,该基因家族成员含有参与逆境胁迫和激素响应相关的顺式作用元件.表达分析结果显示,在盐胁迫下15个JrZFP基因均显著上调,以JrZFP55最为明显,推测JrZFP55在核桃NaCl胁迫中起正向调节作用;在干旱胁迫下15个JrZFP基因中上调6个,其中JrZFP12上调最为显著,下调9个,以JrZFP4、JrZFP55和JrZFP57下调程度最大,推测这3个基因在核桃干旱胁迫中起负调控作用.[结论]核桃全基因组中有82个JrZFP家族成员都具有Q型C2H2锌指蛋白典型结构域,且通过qRT-PCR对随机挑选基因进行分析以发现可能参与干旱和盐胁迫的JrZF-Ps基因,为深入研究核桃JrZFP参与干旱胁迫和盐胁迫提供理论依据.
文献关键词：
核桃;Q型C2H2锌指蛋白基因家族;基因表达
中图分类号：
作者姓名：
马乃膺;雒宏佳;李建红;辛国;张瑞;王双成;张仲兴;王延秀
作者机构：
甘肃农业大学园艺学院,兰州730070;甘肃省林业科学技术推广总站,兰州730046;陇南市经济林研究院核桃研究所,甘肃陇南746000
文献出处：
引用格式：
[1]马乃膺;雒宏佳;李建红;辛国;张瑞;王双成;张仲兴;王延秀-.核桃Q型C2H2锌指蛋白基因家族全基因组鉴定及表达分析)[J].果树学报,2022(06):920-934
A类：
JrZFP,JrZFPs,JrZFP55,JrZFP12,JrZFP4,JrZFP57,JrZF
B类：
核桃,C2H2,锌指蛋白,基因家族,全基因组鉴定,表达分析,抗非,非生物胁迫,桃干,盐胁迫应答,表达模式,利用生物,生物信息学方法,染色体定位,进化关系,基因结构,家族进化,进化树,real,quantitative,qRT,响应特性,蛋白质序列,亚细胞定位,细胞核,不均匀分布,串联重复基因,内含子,外显子,启动子区,逆境胁迫,激素响应,顺式作用元件,NaCl,干旱胁迫,负调控,结构域
AB值：
0.182029
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