典型文献
山新杨FLA家族基因生物信息学分析及其组织表达
文献摘要：
成束状阿拉伯半乳糖蛋白(FLAs)在木质部发育过程中起重要调控作用,对山新杨(Populus davidi-ana×P.alba var.pyramidalis)FLA基因进行生物信息学及其在山新杨不同组织中的表达模式进行了分析,筛选与木质部发育相关的FLA基因,为鉴定其调控山新杨材性形成的调控机制及分子改良奠定基础.利用拟南芥FLA家族蛋白序列在山新杨基因组序列中进行比对,共获得11条PdbFLAs,编码区长度为540至1440 bp.对其蛋白理化性质、高级结构、系统进化、基序分布、启动子元件等进行分析.结果表明:蛋白结构和基序分析可将PdbFLAs分为3个亚类,每个亚类的蛋白结构和基序组成较为保守;系统进化分析可将PdbFLAs分为4组,这其中PdbFLA1、PdbFLA2、PdbFLA4、PdbFLA9与毛果杨、拟南芥中调控本质部发育相关基因聚为一组,推测该组内的PdbFLAs也具有类似功能;在PdbFLAs启动子中发现了与光、脱落酸(ABA)、胁迫响应和次生壁形成相关的重要顺式元件.对人工弯曲处理的山新杨木质部表型进行分析,发现树干出现偏心生长,应拉木组织被染成绿色,显示其纤维素质量分数高于对应木和直立木,木质化程度有所降低.利用荧光定量RT-PCR对PdbFLAs在根、茎、叶以及应拉木、对应木和直立木不同组织的表达模式进行分析,结果显示:PdbFLA1在茎和应拉木中高度表达,说明在山新杨木质部发育过程中PdbFLA1具有重要的调控作用.
文献关键词：
PbpFLA;应拉木;生物信息学;荧光定量RT-PCR
中图分类号：
作者姓名：
贺有超;赵超;于颖;周美琪;赵磊飞;石鑫鑫;石晶静;和玉婷;赵鑫;王瑞;王超
作者机构：
林木遗传育种国家重点实验室(东北林业大学) ,哈尔滨,150040
文献出处：
引用格式：
[1]贺有超;赵超;于颖;周美琪;赵磊飞;石鑫鑫;石晶静;和玉婷;赵鑫;王瑞;王超-.山新杨FLA家族基因生物信息学分析及其组织表达)[J].东北林业大学学报,2022(10):1-9
A类：
山新杨,PdbFLAs,PdbFLA1,PdbFLA2,PdbFLA4,PdbFLA9,PbpFLA
B类：
家族基因,生物信息学分析,组织表达,阿拉伯半乳糖蛋白,木质部,Populus,davidi,ana,alba,var,pyramidalis,不同组织,表达模式,材性,调控机制,分子改良,拟南芥,基因组序列,共获,编码区,区长,基序,启动子,蛋白结构,亚类,系统进化分析,毛果杨,该组,脱落酸,ABA,胁迫响应,次生壁,顺式,弯曲处,杨木,树干,干出,偏心,心生,应拉木,染成,对应木,直立,立木,木质化程度,高度表
AB值：
0.296983
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