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低氧胁迫下斑马鱼鳃中核糖体蛋白基因家族的表达分析
文献摘要：
为研究斑马鱼核糖体蛋白应对低氧胁迫的生物学功能,对低氧胁迫和常氧条件下斑马鱼(Danio rerio)鳃组织进行转录组分析,利用高通量测序检测在低氧胁迫与常氧条件下斑马鱼鳃转录组中核糖体蛋白家族基因的表达差异.结果表明:在两个不同浓度的低氧胁迫下,斑马鱼鳃组织中60个核糖体蛋白基因的表达量显著上调,其中,大亚基核糖体蛋白基因35个,小亚基核糖体蛋白基因25个.在低氧胁迫下斑马鱼鳃中显著差异表达基因GO富集的前15条通路中均包括核糖体蛋白基因,且其中的5条通路与核糖体蛋白组装合成相关.在富集到"translation"GO通路中,富集到44个核糖体蛋白基因.另外,利用前期筛选出的低氧条件下斑马鱼鳃中显著低表达的2个miRNAs,针对低氧下表达量显著上调的60个核糖体蛋白基因进行靶基因预测,结果表明:斑马鱼miR-455-3p可以同时靶向核糖体蛋白基因rpl13和rplp1来调控斑马鱼对低氧环境的适应.
文献关键词：
低氧;斑马鱼;靶基因预测;转录组分析;核糖体蛋白
中图分类号：
作者姓名：
贾若南;林枫;许强华
作者机构：
上海海洋大学海洋科学学院,上海 201306;上海海洋大学大洋渔业资源可持续开发教育部重点实验室,上海201306;国家远洋渔业工程技术研究中心,上海 201306;远洋渔业协同创新中心,上海 201306
文献出处：
引用格式：
[1]贾若南;林枫;许强华-.低氧胁迫下斑马鱼鳃中核糖体蛋白基因家族的表达分析)[J].上海海洋大学学报,2022(02):318-327
A类：
rpl13,rplp1
B类：
低氧胁迫,斑马鱼,鱼鳃,核糖体蛋白基因,基因家族,表达分析,生物学功能,常氧,Danio,rerio,转录组分析,白家,家族基因,表达差异,亚基,差异表达基因,蛋白组,translation,低表达,miRNAs,靶基因预测,3p,低氧环境
AB值：
0.163699
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