典型文献
盐度驯化影响虹鳟鳞组织基因表达的转录组分析
文献摘要：
合理选择盐度驯化方式是目前虹鳟(Oncorhynchus mykiss)养殖生产所要解决的重要问题之一.本研究通过分析盐度驯化对虹鳟幼鱼外骨骼(鳞组织)中基因表达水平的影响,重点探讨了盐度对鱼类骨代谢的影响机制.首先,分别采集海水(盐度28)驯化7 d和常规淡水养殖(对照)条件下的虹鳟鳞组织,采用Illumina HiSeq 4000测序平台进行转录组测序(RNA-Seq).以log2|foldchange|≥1且P＜0.05作为显著差异表达基因(DEGs)筛选条件,共筛选出1714个DEGs,其中,484个基因显著上调,1230个基因显著下调.GO功能注释分析结果显示,上述DEGs主要被注释在细胞膜、细胞质、细胞核、运输、信号转导、金属离子结合和ATP结合等功能中.KEGG通路富集分析结果显示,DEGs在氧化磷酸化、药物代谢-细胞色素P450、蛋白酶体、p53信号通路和心肌收缩等通路中显著富集.利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对随机选取的8个DEGs的表达量进行验证,结果显示,RT-qPCR与RNA-Seq结果一致,表明RNA-Seq数据可靠.结果表明,以4/d的盐度提升速率对虹鳟进行盐度驯化,对其Mmp-2、Mmp-9、Acp5b、Alpl、Osteocalcin、OPG和Col12a1等骨代谢相关基因及 NF-kB、MAPK-(JNK、p38、ERK1/2 和 STAT3)、Wnt/p-catenin、BMP/Smads 和OPG-RANK-RANKL等骨代谢相关信号通路影响不显著,说明本研究所采用的驯化模式较为合理.本研究结果可为虹鳟的养殖生产实践提供参考,所获得的基因信息、功能注释和通路富集信息可为探究硬骨鱼类骨代谢的调控机理及其应对环境变化的演化规律提供新视角.
文献关键词：
虹鳟;鳞;盐度驯化;转录组测序;实时荧光定量PCR
中图分类号：
作者姓名：
周启苓;马骞;毛非凡;杨二军;王刘永;陈刚
作者机构：
广东海洋大学水产学院 广东 湛江 524025;南方海洋科学与工程广东省实验室(湛江)广东 湛江 524025
文献出处：
引用格式：
[1]周启苓;马骞;毛非凡;杨二军;王刘永;陈刚-.盐度驯化影响虹鳟鳞组织基因表达的转录组分析)[J].渔业科学进展,2022(05):168-178
A类：
foldchange,Mmp,Acp5b,Alpl,Col12a1
B类：
盐度驯化,虹鳟,转录组分析,Oncorhynchus,mykiss,所要,幼鱼,外骨骼,基因表达水平,骨代谢,淡水养殖,Illumina,HiSeq,测序平台,转录组测序,log2,差异表达基因,DEGs,功能注释,细胞膜,细胞质,细胞核,信号转导,金属离子,离子结合,ATP,通路富集分析,氧化磷酸化,药物代谢,细胞色素,P450,蛋白酶体,p53,心肌收缩,qPCR,升速,Osteocalcin,OPG,代谢相关基因,kB,MAPK,JNK,p38,ERK1,STAT3,Wnt,catenin,BMP,Smads,RANKL,生产实践,基因信息,硬骨鱼类,调控机理,演化规律
AB值：
0.324507
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