典型文献
牦牛与普通牛、水牛的X染色体基因编码区比较及密码子偏性分析
文献摘要：
[目的]从基因组比对及密码子偏性角度分析牦牛与其他牛亚科动物X染色体,有助于了解牦牛品种差异及系统进化地位,为其适应高原低压低氧环境和密码子优化提供参考.[方法]以牦牛X染色体参考基因编码区序列为参考,与普通牛和江河型水牛X染色体参考基因编码区序列进行基因组比对和基因共线性分析,同时进行基因注释,对过滤后的编码区文件进行相对同义密码子使用频率(RSCU)、ENC-plot、PR2-plot和最优密码子确定等偏性分析.[结果]在牦牛X染色体基因编码区发现了参与气管收缩、肺部呼吸及机体代谢等基因与普通牛和水牛存在差异,如KLHL13、CENPI和PGK1等基因;共线性显示长段由强选择压和突变压下表现出的交换线性区域;密码子分析中3种牛亚科动物密码子使用偏性相似,偏性均较弱,均偏向G/C结尾;强偏性密码子(RSCU≥1.5)均为CUG、GUG、AGA、AGG和UGA;牦牛、普通牛和水牛分别筛选出16、13和9个最优密码子,均以A/U结尾.[结论]牦牛与普通牛、水牛相比面临了更大的选择压力,累计的变异程度更大,三者的密码子偏性受到自然选择作用均大于突变作用.研究结果为牦牛的遗传育种、密码子优化和遗传资源开发利用提供参考.
文献关键词：
牦牛;X染色体;比较基因组;密码子偏性
中图分类号：
作者姓名：
刘欣睿;王嘉博;柴志欣;武志娟;益西康珠;钟金城
作者机构：
西南民族大学,青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省教育部重点实验室,成都610041
文献出处：
引用格式：
[1]刘欣睿;王嘉博;柴志欣;武志娟;益西康珠;钟金城-.牦牛与普通牛、水牛的X染色体基因编码区比较及密码子偏性分析)[J].中国畜牧兽医,2022(06):2043-2055
A类：
KLHL13,CENPI
B类：
牦牛,水牛,染色体基因,基因编码,编码区,密码子偏性,牛亚科,品种差异,系统进化地位,低压低氧,低氧环境,密码子优化,参考基因,江河,共线性分析,基因注释,同义密码子,使用频率,RSCU,ENC,plot,PR2,最优密码子,机体代谢,PGK1,变压,种牛,密码子使用偏性,结尾,CUG,GUG,AGA,AGG,UGA,选择压力,自然选择,选择作用,变作,遗传育种,遗传资源,资源开发利用,比较基因组
AB值：
0.328747
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