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t(8;21)急性髓系白血病中RNA N6-甲基腺嘌呤(m6A)的修饰特征
文献摘要：
目的 研究t(8;21)急性髓系白血病(AML)中AML1-ETO(AE)融合基因与细胞内N6-甲基腺嘌呤(m6A)修饰的关系.方法 利用RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术(MeRIP-Seq)在AE(+)和敲除AE的AML细胞系中进行RNA m6A测序,分析整个转录组m6A修饰的变化.利用高通量测序技术进行转录组测序(RNA-seq).进一步通过GO分析、KEGG通路富集分析对差异修饰的mRNA进行功能注释.实时荧光定量PCR检测m6A相关酶表达量变化.结果 RNA m6A甲基化测序在敲除AE和表达AE的AML细胞系中共检测到26441个基因,包含了72036个m6A peak.AE敲除后细胞内m6A peak的数目由37042个变成34994个,其中有1278个m6A peak升高,1225个下降.AE敲除后新出现了1316个m6A修饰的基因,1830个基因失去了m6A修饰.差异的peak主要在癌症、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ等通路中富集.RNA-seq结果显示,AE敲除后有2483个基因表达上调,3913个基因表达下调.MeRIP-Seq和RNA-Seq联合分析结果显示,与非m6A修饰的基因相比,m6A所修饰的基因表达水平均相对较高(SKNO-1:0.6116±1.263 vs 2.010±1.655,P<0.0001;SKNO-1 siAE:0.5528±1.257 vs 2.067±1.686,P<0.0001).m6A修饰位于3'UTR或5'UTR的基因较位于外显子区的基因表达量更高(SKNO-1:2.177±1.633 vs 1.333±1.470 vs 2.449±1.651,P<0.0001;SKNO-1 siAE:2.304±1.671 vs 1.336±1.522 vs 2.394±1.649,P<0.05).RNA-seq结果显示,有3种m6A相关酶METTL14、WTAP、ALKBH5的mRNA表达升高(WTAP:5.36±0.5657 vs 13.19±0.3253,METTL14:2.850±0.1556 vs 8.815±1.761,ALKBH5:13.70±0.4596 vs 39.84±6.067,P<0.05).实时荧光定量PCR检测METTL14、WTAP、ALKBH5的表达量变化发现敲除AE后WTAP、ALKBH5的表达量升高,而METTL14的表达量降低(P<0.05).结论 AE敲除造成m6A相关酶差异,推测AE融合基因或许可以调控一种或多种m6A相关酶的表达控制细胞内的甲基化水平,影响m6A修饰模式.
文献关键词：
AML1-ETO;急性髓系白血病;N6-甲基腺嘌呤(m6A)
中图分类号：
作者姓名：
温亚男;方姝;杨晶晶;王昊;焦一帆;王楠;魏岩;王莉莉;窦立萍
作者机构：
解放军医学院,北京100853;中国人民解放军总医院第五医学中心血液病医学部,北京100853;南开大学,天津 300071
文献出处：
引用格式：
[1]温亚男;方姝;杨晶晶;王昊;焦一帆;王楠;魏岩;王莉莉;窦立萍-.t(8;21)急性髓系白血病中RNA N6-甲基腺嘌呤(m6A)的修饰特征)[J].南方医科大学学报,2022(05):690-697
A类：
SKNO,siAE
B类：
急性髓系白血病,N6,腺嘌呤,m6A,AML1,ETO,融合基因,免疫共沉淀,高通量测序技术,MeRIP,Seq,敲除,细胞系,转录组测序,seq,通路富集分析,功能注释,甲基化测序,peak,新出现,淋巴细胞白血病,中富,联合分析,基因表达水平,UTR,外显子,子区,基因表达量,METTL14,WTAP,ALKBH5,变化发现,甲基化水平
AB值：
0.178514
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