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典型文献
基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化
文献摘要:
目的 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)作为表观遗传物质被广泛研究,但在糖尿病足的研究中较少.文中旨在研究糖尿病足患者(DFU)和健康志愿者组织基因组DNA中的5hmC的差异变化.方法 收集2021年1~12月就诊于北京大学第三附属医院确诊为DFU患者组织6例(DFU组)和Normal组织3例(对照组).提取组织DNA,使用5hmC-Seal技术建立文库和Illumina高通量测序技术测序,筛选差异羟甲基化修饰基因(DhMGs).采用STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cyto-scape3.9.0软件绘制DhMGs的调控网络,并通过CytoHubba功能筛选出关键枢纽基因(Hub基因),采用DAVID数据库对Hub基因进行GO及KEGG富集分析,最后使用qRT-PCR和免疫组化进行验证.结果 共有166个上调基因和262个下调基因,其中包括NDUFB6、GALR1、GDAP1等已知的与糖尿病并发症相关的基因.DhMGs主要分布在内含子、基因间和启动子区域.通过CytoHubba分析可得到10个Hub DhMGs,分别是MAPK14、MAPK11、CDC42、MAP3K1、NCOA1、RAP1B、AGO4、RUNX1、HIF1A、PHC3.对10个Hub基因进行富集分析,在生物过程中涉及到VEGFR信号通路、Ras蛋白信号转导、肌细胞分化的正向调节以及与免疫相关的白细胞介素12分泌的正向调节等;在细胞成分中主要与细胞质、胞液等相关;在分子功能中主要有细分化调控、血管内皮生长因子受体信号通路、髓样细胞分化调控等功能.KEGG分析显示Hub基因主要富集于白细胞跨内皮细胞迁移、有丝分裂原活化蛋白激酶信号通路等.最后通过qRT-PCR和免疫组化实验得出MAPK11和CDC42在DFU组织中的表达水平均明显升高(P<0.05).结论 糖尿病足和健康人组织DNA的5hmC修饰具有差异,MAPK11和CDC42可能成为DFU潜在的治疗靶点.
文献关键词:
糖尿病足;5-羟甲基胞嘧啶;有丝分裂原活化蛋白激酶14;有丝分裂原活化蛋白激酶11;细胞分裂周期因子42
作者姓名:
马睿瑶;赵景会;储金林;铁璐;李念东;李琳琳
作者机构:
830011乌鲁木齐,新疆医科大学药学院;100191北京,北京大学第三附属医院伤口治疗中心;100191北京,北京大学基础医学院;830011乌鲁木齐,新疆医科大学医学工程学院
引用格式:
[1]马睿瑶;赵景会;储金林;铁璐;李念东;李琳琳-.基于高通量测序技术探究糖尿病足与健康人组织DNA中的5-羟甲基胞嘧啶变化)[J].医学研究与战创伤救治,2022(12):1268-1273
A类:
DhMGs,NDUFB6,GALR1,GDAP1,MAPK11,AGO4,PHC3
B类:
高通量测序技术,技术探究,健康人,胞嘧啶,5hmC,表观遗传,遗传物质,糖尿病足患者,DFU,健康志愿者,志愿者组织,异变,患者组织,Normal,Seal,文库,Illumina,甲基化修饰,STRING,数据库构建,蛋白互作网络,scape3,调控网络,CytoHubba,关键枢纽基因,DAVID,富集分析,qRT,免疫组化,糖尿病并发症,内含子,启动子区域,MAPK14,CDC42,MAP3K1,NCOA1,RAP1B,RUNX1,HIF1A,生物过程,VEGFR,Ras,信号转导,肌细胞,免疫相关,细胞成分,细胞质,细分化,血管内皮生长因子受体,髓样细胞,细胞分化调控,内皮细胞,细胞迁移,有丝分裂原活化蛋白激酶,化实验,治疗靶点,细胞分裂
AB值:
0.300019
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