目的 基于转录组测序(RNA-Seq)技术探讨真菌病毒黄曲霉(A.flavus)partitivirus1(AfPV1)感染对寄主A.flavus基因表达的影响.方法 分别提取无病毒感染的A.flavus菌株LD-F1和真菌病毒AfPV1感染的A.flavus菌株LD-F1-b的RNA进行文库构建和RNA-Seq;以A.flavus菌株NRRL 3357(GCA_009017415.1)的基因组为参考,分析RNA-Seq测序结果中有差异表达的基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析;随机选取12个DEGs,使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对转录组进行验证.结果 样品RNA完整无污染,测序结果可靠,错误率0.02％,测序的结果能够成功比对到A.flavus的基因组序列(>56％);获得真菌病毒AfPV1感染的A.flavus的DEGs有4127个;GO富集分析显示,DEGs涉及A.flavus的氧化还原过程、单生物过程、单生物代谢过程、跨膜转运、谷氨酰胺家族氨基酸代谢过程、谷氨酰胺家族氨基酸生物合成过程、二羟酸代谢过程及血红素结合等;KEGG富集分析显示,DEGs参与A.flavus代谢通路中的戊糖与葡萄糖醛酸互相转换、非同源重组末端连接、氮代谢、错配修复、同源重组、DNA复制、次级代谢产物的生物合成及碱基切除修复等;qRT-PCR的结果与转录组测序结果趋势一致.结论 真菌病毒AfPV1感染A.fla-vus能够引起基因表达差异,DEGs涉及A.flavus生命过程中多个基因和多个信号通路.

真菌病毒;转录组;黄曲霉;差异表达基因;基因功能注释;富集分析

江银辉;杨碧;刘翔;田询;禹文峰;齐晓岚;吴昌学

贵州医科大学 地方病与少数民族疾病教育部重点实验室 &贵州省医学分子生物学重点实验室,贵州 贵阳 550004

贵州医科大学学报

[1]江银辉;杨碧;刘翔;田询;禹文峰;齐晓岚;吴昌学-.基于RNA-Seq技术的真菌病毒AfPV1感染对寄主黄曲霉基因表达的影响)[J].贵州医科大学学报,2022(12):1377-1384

AfPV1,partitivirus1,vus

Seq,真菌病毒,寄主,黄曲霉,转录组测序,技术探讨,flavus,无病,LD,文库构建,NRRL,GCA,DEGs,基因本体,京都基因与基因组百科全书,功能富集分析,qRT,无污染,错误率,能够成功,基因组序列,氧化还原,还原过程,单生,生物过程,生物代谢,代谢过程,跨膜转运,谷氨酰胺,氨基酸代谢,生物合成,合成过程,血红素,代谢通路,戊糖,葡萄糖醛酸,互相转换,非同,同源重组,氮代谢,错配修复,次级代谢产物,碱基切除修复,基因表达差异,生命过程,差异表达基因,基因功能注释

0.250117