典型文献
热带臭虫转录组分析
文献摘要：
目的 获得热带臭虫转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础.方法 基于Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台,对热带臭虫混合样本进行测序,采用Trinity软件组装有效测序数据获得unigenes.将unigenes分别与非冗余蛋白数据库(NR)、基因本体论(G0)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、直系同源蛋白分组比对数据库(eggNOG)和注释蛋白数据库(Swiss-Prot)进行比对和功能注释,利用MISA软件对热带臭虫的unigenes进行简单重复序列位点分析,使用Samtools和GATK软件检测热带臭虫单核苷酸多态性(SNP).结果 转录组测序数据质控后获得5.49 Gb高质量数据,组装后获得21619个unigenes,总长度为29322540 bp,平均长度为1356 bp.将unigenes序列与5个公共数据库进行比对和功能注释,得到45362个有功能注释的unigenes,预测发现10906条编码区序列,检测到7754个简单重复序列(SSR)位点信息和33144个SNP位点信息.结论 报道并构建了热带臭虫转录组数据库,并对21619个unigenes进行组装和功能注释分析,该数据的获得可为后期热带臭虫的功能基因研究、SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等奠定基础.
文献关键词：
热带臭虫;转录组;生物信息学;微卫星;单核苷酸多态性
中图分类号：
作者姓名：
李婷;廖嵩;徐业;王常禄;王建国
作者机构：
江西农业大学入侵生物实验室,江西南昌330045;Department of Entomology,Rutgers,The State University of New Jersey,New Brunswick,NJ 08901,USA
文献出处：
引用格式：
[1]李婷;廖嵩;徐业;王常禄;王建国-.热带臭虫转录组分析)[J].中国媒介生物学及控制杂志,2022(01):54-61
A类：
热带臭虫,Samtools
B类：
转录组分析,转录组数据,基因功能,功能研究,Illumina,NovaSeq,高通量测序平台,混合样本,Trinity,装有,序数,unigenes,非冗余,NR,基因本体论,G0,京都基因和基因组百科全书,直系,同源蛋白,eggNOG,Swiss,Prot,功能注释,MISA,简单重复序列,列位,GATK,单核苷酸多态性,SNP,转录组测序,数据质控,Gb,质量数据,总长度,bp,平均长度,公共数据库,有功,编码区,SSR,位点信息,功能基因,基因研究,分子标记开发,遗传多样性分析,遗传图谱构建,微卫星
AB值：
0.307441
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