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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
文献摘要:
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低(
P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。
结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
文献关键词:
氟;成釉细胞;差异表达基因;生物信息学
中图分类号:
作者姓名:
刘厚美;白国辉;陈彬;李运航;刘霞;黄婷;田源
作者机构:
遵义医科大学口腔医学院,遵义 563000;贵州省普通高等学校口腔疾病研究特色重点实验室,遵义 563000;遵义医科大学第一临床学院,遵义 563000
文献出处:
引用格式:
[1]刘厚美;白国辉;陈彬;李运航;刘霞;黄婷;田源-.基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制)[J].中华地方病学杂志,2022(08):619-625
A类:
LS8,Col1a2,Col5a1
B类:
生物信息学方法,氟化物,成釉细胞,细胞毒性作用,细胞株,氟化钠,NaF,转录组测序,差异表达基因,DEGs,基因本体,基因集富集分析,GSEA,STRING,数据库构建,蛋白相互作用,PPI,Cytoscape,选关,关键基因,基因表达数据库,GEO,细胞黏附分子,分子结,细胞外基质,基质结构,基质胶,胶原蛋白,复合物,封装结构,生物学过程,全基因,真核生物,核糖体,生物发生,核因子,激活状态,丙酮酸代谢,脂肪酸代谢,Col1a1,纤维蛋白原,Fbn1,表达变化,利用生物,选得
AB值:
0.250741
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