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多房棘球蚴感染小鼠脾淋巴细胞中差异表达miRNA的鉴定及其生物信息学分析
文献摘要：
目的 筛选并鉴定多房棘球蚴感染的小鼠脾淋巴细胞中差异表达的微小RNA(miRNA),分析其可能涉及的生物学过程及信号通路,为进一步研究miRNA在寄生虫感染中的作用提供实验依据.方法 将12只小鼠随机分为两组,每组6只,感染组小鼠每只腹腔注射600个多房棘球蚴原头节,对照组注射等量PBS.感染后90d,将小鼠安乐死后取脾组织,采用密度梯度离心法分离各组小鼠脾淋巴细胞,使用TRIzol法提取两组小鼠脾淋巴细胞的总RNA.利用高通量测序技术鉴定并筛选差异表达的miRNA;随机选取5个差异表达的miRNA进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证;利用miRanda和RNAhybrid两个数据库对差异表达的miRNA进行靶基因预测,并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA相互作用网络图.结果 通过高通量测序对照组和感染组分别获得12 104 631和10 856 249个纯净序列,其序列主要集中在20～24 nt.共筛选出69个差异表达2倍以上的miRNA,其中40个为上调表达的miRNA,29个为下调表达miRNA.随机选取的5个差异表达miRNA经qRT-PCR验证结果显示,miR-150-5p、miR-181a-5p、miR-467a-5p、miR-467b-5p表达下调,miR-223-3p表达上调,与高通量测序结果相一致.GO功能和KEGG通路分析结果显示,69个差异表达miRNA的靶基因与黏膜免疫、应激反应、细菌防御反应等相关,并且主要富集在丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、单磷酸腺苷激活的蛋白激酶(AMPK)等信号通路.miR-150-5p、miR-181a-5p、miR-467a-5p 和 miR-467b-5p 与 mRNA 相互作用网络图显示,miRNA与多个mRNA相互作用,mRNA也可被多个miRNA所调控.结论 小鼠在多房棘球蚴感染过程中,其脾淋巴细胞中的miRNA呈显著差异表达,差异表达的miRNA主要富集在一些免疫相关的信号通路,可能在对抗多房棘球蚴的免疫反应中发挥作用.
文献关键词：
多房棘球绦虫;微小RNA;脾淋巴细胞;高通量测序;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
仲顺虎;孙玥;郭小腊;郑亚东;陈轶霞
作者机构：
西北民族大学生命科学与工程学院,兰州730030;中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室甘肃省动物寄生虫病重点实验室,兰州730046;浙江农林大学动物科技学院动物医学院,杭州311302
文献出处：
引用格式：
[1]仲顺虎;孙玥;郭小腊;郑亚东;陈轶霞-.多房棘球蚴感染小鼠脾淋巴细胞中差异表达miRNA的鉴定及其生物信息学分析)[J].中国寄生虫学与寄生虫病杂志,2022(03):288-295
A类：
467a,467b
B类：
多房棘球蚴,小鼠脾淋巴细胞,差异表达,miRNA,生物信息学分析,生物学过程,寄生虫感染,腹腔注射,原头节,等量,PBS,90d,安乐死,脾组织,密度梯度离心法,TRIzol,高通量测序技术,技术鉴定,qRT,miRanda,RNAhybrid,靶基因预测,基因本体,京都基因与基因组百科全书,富集分析,Cytoscape,软件构建,相互作用网络,网络图,纯净,nt,5p,181a,3p,相一致,通路分析,黏膜免疫,应激反应,防御反应,丝裂原活化蛋白激酶,MAPK,磷脂酰肌醇,PI3K,Akt,单磷酸,腺苷,AMPK,免疫相关,免疫反应,多房棘球绦虫
AB值：
0.234755
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