为了解捻转血矛线虫阿苯达唑耐药相关的长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱,筛选差异表达的lncRNA,并分析可能参与耐药相关的lncRNA.采用TRIzol法提取敏感株和耐药株的总RNA,构建cDNA文库,采用Illumina HiSeqTM 4000平台进行双端测序.过滤后的数据通过HISAT2软件与捻转血矛线虫参考基因组(GenBank登录号GCA_000469685.2)进行比对,筛选差异表达lncRNA,对显著差异的lncRNA靶基因进行顺式调控作用方式预测,对差异基因进行基因本体(GO)功能分类和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集,使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对差异表达的lncRNA进行验证.序列比对分析结果显示,敏感株的外显子区、内含子区、基因间区读长分别为41 344 932条(占80.2％)、5 641 886条(占10.9％)、4 550 203条(占8.8％).耐药株外显子区、内含子区、基因间区读长分别为36 894 046条(占79.4％)、5 644 097条(占12.1％)、3 886 628条(占8.3％).敏感株与耐药株共检测到差异表达lncRNA 640个.246个lncRNA差异表达显著,分别为上调表达32个和下调表达214个.顺式调控共表达定位的预测结果显示,从547个差异lncRNA中筛选出76个显著差异lncRNA,预测到81个具有顺式调控功能的显著差异mRNA,构成了 91组靶向顺式调控关系.GO功能分析结果显示,这些基因主要参与单组织进程、细胞进程、代谢、细胞组分、结合和催化活性等;KEGG分析结果显示,富集的信号通路主要为流体剪切应力和动脉粥样硬化,戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化,药物代谢-细胞色素P450,新霉素、卡那霉素和庆大霉素生物合成,糖酵解/糖异生,C型凝集素受体信号通路.qRT-PCR结果显示,MSTRG.3773.1、MSTRG.7803.1、MSTRG.6845.2 的表达下调,相对表达水平分别为 0.74±0.1、0.33±0.05、0.24±0.07;MSTRG.3773.2、MSTRG.7878.1表达上调,相对表达水平分别为1.33±0.27和3.00±0.55,与测序结果一致.捻转血矛线虫阿苯达唑敏感株与耐药株lncRNA的表达谱差异显著,MSTRG.3151.1、MSTRG.8532.1、MSTRG.7561.2和MSTRG.4538.1等lncRNA与耐药性的产生相关.

捻转血矛线虫;转录组测序;长链非编码RNA;耐药性;阿苯达唑

陈昕迪;王腾宇;石雅琴;毛晓伟;闫旭;苏娅;温海峰;王文龙

内蒙古农业大学兽医学院,农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室,呼和浩特010010

中国寄生虫学与寄生虫病杂志

[1]陈昕迪;王腾宇;石雅琴;毛晓伟;闫旭;苏娅;温海峰;王文龙-.捻转血矛线虫阿苯达唑耐药相关长链非编码RNA的表达分析)[J].中国寄生虫学与寄生虫病杂志,2022(04):540-544

HISAT2

捻转血矛线虫,阿苯达唑,关长,长链非编码,表达分析,解捻,lncRNA,表达谱,差异表达,TRIzol,cDNA,文库,Illumina,HiSeqTM,双端,数据通,参考基因,GenBank,登录号,GCA,靶基因,顺式调控,作用方式,差异基因,基因本体,功能分类,京都基因与基因组百科全书,qRT,序列比对,比对分析,外显子,子区,内含子,共表达,表达定位,调控功能,功能分析,催化活性,流体剪切应力,动脉粥样硬化,戊糖,葡萄糖醛酸,相互转化,药物代谢,细胞色素,P450,新霉素,卡那霉素,庆大霉素,生物合成,糖酵解,糖异生,凝集素,MSTRG,相对表达,耐药性,转录组测序

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