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基于单核苷酸多态性的甘肃省鼠疫耶尔森菌基因分型研究
文献摘要：
目的:探讨基于单核苷酸多态性（SNP）的甘肃省鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）的基因分型及其地区分布特征。方法:选取1962 - 2017年甘肃省喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地和阿拉善黄鼠鼠疫疫源地分离的52株鼠疫菌，培养并提取基因组DNA，进行Illumina PE150二代测序，鉴定鼠疫菌SNP位点。基于SNP位点，采用Mega 10.0软件中邻接法的Kimura-2-parameter模型确定甘肃省鼠疫菌种群特征，并对群内菌株采用最大似然法的Hasegawa-Kishino-Yano模型构建分子进化树。结果:甘肃省52株鼠疫菌共鉴定出103个SNP位点，其中，基因间区位点28个，非同义突变位点43个，同义突变位点31个，无义突变位点1个。52株鼠疫菌划分为2个生物型3个群，分别为古典型（1.IN2、3.ANT），中世纪型（2.MED）。其中，35株属于1.IN2群，13株属于3.ANT群，4株属于2.MED群。1.IN2群内菌株进一步划分为肃北县鱼儿红乡、党城湾镇，肃南县马蹄乡、大河乡，夏河县5个亚群。3.ANT群内菌株进一步划分为阿克塞县红柳湾镇和肃北县党城湾镇马场2个亚群。结论:SNP方法能够对甘肃省不同鼠疫疫源地的鼠疫菌进行基因分型，且具有一定的区域性特征。
文献关键词：
单核苷酸多态性;鼠疫耶尔森菌;基因分型
中图分类号：
作者姓名：
何爱伟;郭丽民;席进孝;王世明;苗克军;吴斌;徐大琴;王平贵
作者机构：
甘肃省疾病预防控制中心鼠疫防制科，兰州 730020
文献出处：
引用格式：
[1]何爱伟;郭丽民;席进孝;王世明;苗克军;吴斌;徐大琴;王平贵-.基于单核苷酸多态性的甘肃省鼠疫耶尔森菌基因分型研究)[J].中华地方病学杂志,2022(11):883-889
A类：
Kishino,Yano
B类：
单核苷酸多态性,鼠疫耶尔森菌,基因分型,分型研究,SNP,鼠疫菌,地区分布,喜马拉雅旱獭,鼠疫疫源地,阿拉善黄鼠,Illumina,PE150,二代测序,Mega,邻接,接法,Kimura,parameter,模型确定,菌种,种群特征,最大似然法,Hasegawa,分子进化树,非同,同义突变,突变位点,无义突变,生物型,古典型,IN2,ANT,中世纪,MED,肃北县,鱼儿,肃南县,马蹄,大河乡,夏河县,亚群,阿克塞县,红柳,柳湾,马场,区域性特征
AB值：
0.307152
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